同步pymol

Question

我试图加载一个mrc文件，生成它的地图，然后保存图像，问题是它只保存一个空白图像，我运行的代码如下：

from pymol import cmd
cmd.load('./6vof.mrc', ' 6vof')
cmd.volume( '6vof _volume', ' 6vof')
cmd.png('./test.png', 300, 200)

界面中的等效代码确实可以工作，我想知道如何让save方法等待所有内容的呈现。

Answer 1

你好，路易斯·何塞·卡斯蒂略，

看起来我遇到了和你一样的问题。我想在Ruby on Rails应用程序中使用Pymol，当我从ruby中启动它时，总是得到他的信息：

 CmdLoad: "mypol/4hhb.pdb" loaded as "4hhb".
 Ray: render time: 0.02 sec. = 178776.9 frames/hour (0.02 sec. accum.).

结果是一个空白的透明png。如果我在命令行中使用相同的脚本运行它，我会得到以下消息和一个完美的png：

CmdLoad: "4hhb.pdb" loaded as "4hhb".
 Ray: render time: 4.04 sec. = 890.8 frames/hour (4.04 sec. accum.).

我在Ubuntu 20，Ubuntu 18 Server和Docker上得到了这个行为。我发现，唯一的区别是，我使用了ruby内部的相对路径，但总是在命令行中运行同一文件夹中的所有内容。好了，我只是为我的Rails应用程序做了这个绕道，现在它确实起作用了：

  def get_protein_image(pdb_id)
    dir_path = get_pdb_file(pdb_id)
    `cp lib/png_from_pdb.py #{dir_path} && cd #{dir_path} && pymol protein.pdb png_from_pdb.py -qc` 
  end

很抱歉这里的ruby代码，但这里的基本解决方案是，尝试运行同一文件夹中的所有内容(我只需在png生成后删除tmp子文件夹)。

cp lib/png_from_pdb.py #{dir_path} && cd #{dir_path} && pymol protein.pdb png_from_pdb.py -qc

我希望这个技巧也能帮助你！致以最好的问候，斯蒂芬