如何向pymol添加库？

Question

我已经下载了pymol并在我的mac上使用。我从“应用程序”文件夹打开它。我可以在其中成功地运行python脚本。但是，我不能在该脚本中导入任何库。我目前所知道的将重要库添加到python环境的方法是通过anaconda导航器。有没有一种方法可以让anaconda将pymol应用程序看作一个环境，然后我可以将库添加到其中？

有更简单的方法来添加库吗？我尝试过使用pip安装，但我不太理解它，并且我一直无法找到将pip安装到我的pymol环境中的方法。

对不起，如果这个问题有一个非常简单的答案，我是新手编程。

Answer 1

• PyMol安装程序安装自己的Python3。
• 若要使用系统anaconda安装PyMOL，请使用conda install -c schrodinger pymol。
• 在安装你必须编译它之后，要安装没有Anaconda的python3-dev libglm-dev freeglut3-dev libglew-dev libpng12-dev libfreetype6-dev build-essential libxml++3.6-dev，这是出了名的困难。
• 从您的系统/conda python (例如在Mac ln -s /Applications/PyMOL.app/Contents/lib/python3.7/site-packages/pymol /Users/myname/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pymol上)为pymol文件和Schr dinger创建的依赖项apbs freemol glew mengine mpeg_encode mtz2ccp4_px pdb2pqr pmw和pip非Schr dinger libopenblas或类似的黑客创建一个符号链接，似乎没有任何-many尝试过。

因此，如果您想在PyMOL中使用您的脚本并安装一个库，只需在PyMOL中调用python，就可以在Mac上使用/Applications/PyMOL.app/Contents/bin/python3.7。在Linux上，您可能安装了conda install -c schrodinger pymol，但最终不会以1.8结束，所以这不适用。在Windows上，您必须找到安装它的位置(import sys和print sys.executable在PyMOL中)。

因此，如果您想在Python代码conda install -c schrodinger pymol中使用conda install -c schrodinger pymol，或者编译它(如果是pip )。是的，这太浪费了，你必须重新添加许可证。

关于此模式，请记住在没有显示pymol_argv = ['pymol', '-qc']或__main__.pymol_argv = ['pymol', '-qc']的情况下运行。

Answer 2

如果您想在后端代码中使用pymol作为导入：

您可以基于python3版本创建虚拟环境。正如Matteo所说，它是一个独立的python3，安装在您的系统上。

1. 找到哪一个是"PyMol python“(相对于其他pythons)的方法是打开PyMOL图形用户界面并执行import sys; print(sys.executable)。给马西米兰·彼得斯的道具。
2. 现在您已经知道pymol的python3在哪里了，您可以基于它创建一个virtualenv：virtualenv --python="/usr/bin/python3"。在我的例子中，它碰巧是/usr/bin/python，但您的可能不一样。
3. 现在，您可以将包安装到这个虚拟环境和import pymol中，以便在常规python/django/烧瓶/numpy代码或其他代码旁边调用其功能。