从python脚本调用当前的PyMOL会话

Question

我试图从python (wxpython )调用当前的PyMOL会话，然后从PyMOL加载一些数据，并向PyMOL发送少量命令。目前，我可以在python脚本中打开一个新的PyMOL会话：

import sys, os
from wx import *
app = wx.App()
dialog = wx.FileDialog ( None, message = 'Set PyMOL directiry', style = wx.OPEN)
if dialog.ShowModal() == wx.ID_OK:
    # Pymol path
    moddir = dialog.GetDirectory()
    sys.path.insert(0, moddir)
    os.environ['PYMOL_PATH'] = moddir

    import pymol
    pymol.finish_launching()     
else:
    print 'Nothing was selected.'

from pymol import *   
dialog1 = wx.FileDialog ( None, message = 'Set PDB file', style = wx.OPEN)
if dialog1.ShowModal() == wx.ID_OK:
    pdbfile = dialog1.GetPath()
    cmd.load(pdbfile)
else:
    print 'Nothing was selected.'

dialog.Destroy()
app.MainLoop() 

但是实际上，我想在我的python中检查是否已经打开了任何PyMOL会话。我在这里找到了与这个主题相对应的讨论：只在PyMOL运行时调用函数，在这个讨论之后，我尝试在PyMOL中调用'print‘函数：

try:
    from pymol import cmd
    print 'Connected'
except:
    <open new Pymol sesssion>

但我在PyMOL cmd中没有看到任何文本。在此声明之前，我试图确定PyMOL路径，但再次失败。

有人知道如何从python脚本调用当前的PyMOL会话吗？

Answer 1

据我所知，无法通过Python解释器与现有的PyMOL会话进行交互。有几种选择：

1. 现有的PyMOL命令提示符接受有效的运行任何脚本，您可以直接从提示符中获得运行任何脚本。也许你可以从那里开始执行你的脚本？
2. 您可以启动一个新的PyMOL会话，作为脚本的一部分。PyMOL的-i标志可能特别有用-它使您能够在无头环境中工作： -i禁用内部OpenGL GUI (对象列表、菜单等)
3. 仔细看看PyMOL的__init.py__。您将在那里发现PyMOL线程的复杂之处。也许你能找到有用的东西来操纵？

附带说明：

从脚本调用print不会使文本出现在PyMOL会话中，它只会将文本写入标准输出(即它将被打印到终端)。

以下PyMOL维基页面可能会对您有所帮助：

• 运行脚本
• 启动PyMOL
• 从脚本启动