如何使用pymol选择原子？

Question

我不确定这是不是该问的网页...

我有一个已经生成的xyz文件：

   C   0   0   0
   O   0   0   0.1
   O   0   0   0.2
   C   0   0   0.6
   O   0   0   0.5
   O   0   0   0.4
   .
   .
   .

如何在命令行中选择特定的原子或测量两个原子之间的距离(pymol)？

Answer 1

pymol select命令在这里有详细描述：http://www.pymolwiki.org/index.php/Property_Selectors

在您的示例中，要选择某些原子，您可以使用：

select C_atoms, name C # select all C atoms and name the selection C_atoms
select atom_4, id 4    # select the 4th atom in the file and name it atom_4
select idx_4, index 4  # 
select rank_4, rank 4  # 

关于原子的rank, ID, index之间的区别，请参见

http://www.mail-archive.com/pymol-users@lists.sourceforge.net/msg08503.html

Answer 2

我已经向pymol电子邮件列表发送了一封电子邮件。我需要找到我想要的原子/分子的ID (我相信有更好的方法，但我已经使用了gui界面)，然后：

select id <num>

或

distance id<num>, id<num>

测量距离