为什么python生成的PyMoL (pml)脚本不能在pymol中正常运行？

Question

我已经编写了一个python脚本，它获取上游结果并将其输出为pml脚本(一系列PyMoL命令)。当我在pymol中运行该文件时，一些命令会运行，但命令行返回'Invalid selection‘Selector-Errors。

例如。该脚本返回如下文本行：

fetch 3MPF
create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68
remove 3MPF
align 3MPFB63, ref

当脚本在PyMoL中运行时，它会说：

PyMOL>fetch 3MPF
 please wait ...
PyMOL>create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68
Selector-Error: Invalid selection name "3MPF".
( 3MPF and c. B and i. 63-68 )<--
PyMOL>remove 3MPF
Selector-Error: Invalid selection name "3MPF".
( 3MPF )<--
PyMOL>align 3MPFB63, ref
Selector-Error: Invalid selection name "3MPFB63".
3MPFB63<--

但是，当错误中的这些命令单独运行时，即复制和粘贴代码段create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68时，命令运行得很好，并进行选择并创建对象。

任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

这个问题的答案似乎是在fetch调用中包含async=0，强制命令行在执行第二个命令之前等待该命令的返回，即它试图在对象存在之前选择它们。

例如,

fetch 3MPF, async=0
create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68
delete 3MPF
align 3MPFB63, ref

这现在可以按预期工作了。当完整的PML是自动运行的时候，如果有其他的东西被打破，我会回帖。

经典的，“一旦你求助于询问，你就能弄清楚”的情况。