如何在Pymol中设置RGB颜色

Question

我能问一下Pymol是否允许用户通过用户定义的值来设置原子颜色吗？例如，我想根据所有原子的生化特征给它们着色，羽毛被认为是RGB值，假设R G B等于feature1 feature2 feature3，我如何在Pymol中做到这一点？

另外，如果我已经给原子上色了，我能得到颜色值吗？我尝试使用cmd.getcolor()，但是它返回的值没有被识别为RGB颜色，在Pymol中有没有其他函数可以调用来获取原子颜色？

Answer 1

请参考pymolwiki页面Color和Set Color。

首先，使用您的特征定义一组颜色(请记住将您的特征值标准化为0、1或0,255)：

set_color mycol1, [feature1R, feature1G, feature1B]
set_color mycol2, [feature2R, feature2G, feature2B]
...

然后，您可以使用自定义颜色为原子上色：

# color all alpha Carbons to mycol1:
color mycol1, n. CA
# color all backbone Nitrogens to mycol2:
color mycol1, n. N

要获取原子颜色，请参考"Getting Atom Colors“。假设您有一个名为youratom的原子，并希望为其获取颜色：

atomcolor = []
iterate youratom, atomcolor.append(cmd.get_color_tuple(color))
print atomcolor[0]

atomcolor[0]是一个具有比例为0,1的RGB值的元组。