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我正在使用heatmaply包来可视化单元格表达式数据。my_palette<-PurpleAndYellow(50)
如果我指定scale_fill_gradient_fun，热图的颜色将变为"RdBu“spe
浏览 3修改于2020-05-24得票数 1
有没有一种方法可以使用heatmaply包中使用的树状图聚类方法，并将其应用于pheatmap包生成的热图？基本上与这里提出的问题相反：Clustering in pheatmap and heatmaply R packages 当我在pheatmap上使用heatmaply时，我通常会看到我的数据集群效果更好对于我来说，heatmaply::ggheatmap函数不能正常工作，因为我有col_side_colors，并且注释妨碍了树状图。它看起来就是很乱。所以我改用pheatmap。
浏览 52提问于2020-07-15得票数 1
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我已经创建了一个带有heatmaply的树状图，其中包含来自dendextend包的树状图对象。我想知道是否有一种方法可以改变列的顺序: vs、am、carb、wt、drat、gear等。library(heatmaply)library(RColorBrewer) as.dendrogram %>%
浏览 30提问于2020-12-04得票数 0
我正在尝试使用heatmaply包来绘制热图，它工作得很好。这是我的代码，当我在R中绘制它时。library(heatmaply)rc <- colorspace::rainbow_hcl(nrow(x))
library(heat
浏览 20修改于2021-05-13得票数 2
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我需要在heatmaply和一个aheatmap中做到这一点。然而，我能想到的所有可能的选项要么导致错误，要么从1:nrow重新标记行并显示内部数字。我可以使用aheatmap和heatmaply来做这件事吗？下面是一个可重复使用的示例：library(heatmaply)library(gplots)
NMF::aheatmap(mtcars,labRow=
浏览 5修改于2016-11-20得票数 2
使用heatmaply::heatmaply()创建热图时，对原始数据执行一些转换。这一点在下面的示例中很明显，其中提供了一些虹膜数据集，但是在热图上徘徊显示了一些负值(这些值不在提供给heatmaply()的原始数据中)，而旁边的颜色条也显示了负值。library(heatmaply)p <- heatmaply(mat,
dendrogramcolors = rev(c
浏览 7提问于2020-04-25得票数 1
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我想从heatmaply为我的交互式热图返回特定数量的集群，就像我可以使用pheatmap和kmeans_k =参数一样。有没有办法用heatmaply做到这一点？如果我有一个很大的矩阵，并且没有定义用heatmaply返回的簇的数量，那么计算热图就会花费太长的时间，否则我会得到错误：“vector memory exhausted(limit reached？)
浏览 32提问于2021-01-24得票数 1
Heatmap with high expression values on the bottom 我是Rstudio的新手，我正在尝试使用r中的heatmaply函数创建热图，但在一些热图(具有不同的数据我对不同的数据集使用相同的代码 heatmaply(Heatmap_DEXFORM, dendrogram = "row", scale_fill_gradient_fun = scale_fill_gradient2
浏览 15修改于2019-06-13得票数 0
我正在使用heatmaply创建一个热图，但不幸的是，我的行标签没有显示为名称。行标签是行号。如何使列1中的行名显示在热图上？
浏览 1提问于2017-07-21得票数 0
我正在尝试在spearman关联的基础上创建一个热图，并使用与spearman相关值相对应的树状图。我的输入文件组成如下： group EG PN C0 C10 C10.1 2 Patients 24 729 195.48486 17.15763 33.60365 4 Pati
浏览 3提问于2017-10-26得票数 1
912c1 <- table(kat_data$delay_code, kat_data$DayOfWeek)c1级别<-(tmp`‘，value =as.character( level ))中的as.character错误:因子级别6被复制
p<-heatmaply
浏览 6修改于2019-11-18得票数 3
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因此，我希望这两个命令产生相同的输出：pheatmap (scale (mtcars))
有办法这样做吗？提前谢谢。
浏览 6提问于2020-05-21得票数 0
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这是我的R脚本：head(my_data)my_matrix <- as.matrix(data)
heatmaply
浏览 2修改于2017-11-28得票数 0
我想使用heatmaply，因为我认为输出很漂亮，我希望我的观众能够放大数据。它实际上并不是用来做密度估计的(我想？)所以我在试着解决这个问题。
浏览 18提问于2020-09-14得票数 0
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在R中使用heatmaply后，我尝试获取所有行元素的5个列表。我设置k_row =5，因此树状图显示5种不同的颜色。我只想返回一个包含5个列表的列表，其中每个列表都包含集群中的行元素。
浏览 8修改于2019-03-18得票数 1
使用package heatmaply和下面的脚本，我可以得到这个图： seriate = "OLO")
浏览 15提问于2017-12-25得票数 0
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,
tabsetPanel( return(data.in)
#Building heatmaplydata.in[, ss_num]= apply(data.in[, ss_n
浏览 9修改于2018-06-14得票数 1
如何将Heatmaply热图各列的平均值添加为它附近的一个附图？mtcarsrownames(x) <- paste0(rownames(x)," = ", mmeans)
heatmaply
浏览 17提问于2020-10-17得票数 0
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