heatmaply:调整颜色

Question

我正在使用heatmaply包来可视化单元格表达式数据。

我想使用自定义颜色，并将“黄色”指定给表达式级别>2，将“品红色”指定给表达式级别< -2。[-2,2]之间的范围应该用“品红色”-“黑色”-“黄色”的平滑渐变来表示。

在这里，我的示例文件是一个10行x 5列的矩阵：

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my_palette<-PurpleAndYellow(50) 
heatmaply(test,col = my_palette, dendrogram = "none")

它产生正确的"PurpleAndYellow“颜色热图，但是它在整个范围内缩放-5，+5

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如果我指定scale_fill_gradient_fun，热图的颜色将变为"RdBu“spectre (Heatmap2)：

heatmaply(ab, col = my_palette, dendroram="none",
          scale_fill_gradient_fun = ggplot2::scale_fill_gradient2(
            low = "magenta", mid="black",high = "yellow", midpoint = 0, 
            limits = c(-2, 2)))

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你能告诉我如何使用heatmaply更改热图的颜色和调整亮度吗？

Answer 1

我认为添加限制是正确的，但没有必要添加scale_fill_gradient_fun。这会自动覆盖调色板，除非您在此函数中也指定了调色板。无论如何，我相信这应该是可行的：

library(heatmaply)

my_palette<-PurpleAndYellow(50) 
heatmaply(test,col = my_palette, dendrogram = "none", limits = c(-2, 2))

在亮度方面，我不确定是否能像你想象的那样解决这个问题。在我看来，可见度的问题不是由于亮度，而是因为你正在淡入和淡出黑色的事实。我认为一个好的选择可能是改变你的渐变，这样中心就不会褪色成黑色-也许是浅灰色或类似的东西。