如何修正R heatmaply()中的“因子级重复”错误？

Question

我试着根据这个矩阵制作一个热图：

  1     2     3     4     5     6     7
C  6211  7608  8089 10514  7363  5375  7268
L  2459  2904  2573  3049  2221  1652  2311
N  3173  4213  3025  4324  2864  1524  2363
S    37    74   141    94    68    48    88
W  1223  1259   914  1691   874   607   912

我是这样做的：

c1 <- table(kat_data$delay_code, kat_data$DayOfWeek)
c1 <- as.matrix(c1)
c1

现在我正在尝试使用heatmaply()制作一个热图，但是我得到了一个错误：

级别<-(tmp`‘，value =as.character( level ))中的as.character错误:因子级别6被复制

以下是热图代码的一部分：

p<-heatmaply(c1, 
             dendogram = "none", 
             xlab = "", ylab = "", 
             main = "",
             scale = "column", 
             margins =c(60,100,40,20),............

我该怎么做才能让它发挥作用？我读了很多关于这个错误的问题，我看到我需要提供独特的数据，但我不知道在哪里和如何做到这一点。你能帮帮我吗？

Answer 1

我们可以将其转换为data.frame，错误就会消失，因为这是重复的行名，在data.frame中是不允许的。

library(heatmaply)
heatmaply(as.data.frame.matrix(table(mtcars[c('cyl', 'vs')])))

​

​

另外，通过使用as.matrix包装，table类仍然保持不变

m1 <- as.matrix(table(mtcars[c('cyl', 'vs')]))
str(m1)
# 'table' int [1:3, 1:2] 1 3 14 10 4 0
# - attr(*, "dimnames")=List of 2
#  ..$ cyl: chr [1:3] "4" "6" "8"
#  ..$ vs : chr [1:2] "0" "1"

这就像?heatmaply建议的“x”应该是

x-可以是heatmapr对象，也可以是数字矩阵默认值为TRUE，除非x包含任何NAs。

因此，我们可以将class转换为matrix

class(m1) <- "matrix"

现在，它应该能工作

heatmaply(m1)

请注意，table或matrix对象可能导致类似于OP的post中的错误

heatmaply(table(mtcars[c('cyl', 'vs')]))

levels<-中的错误(*tmp*，value = as.character(levels))：因子级别4被复制

heatmaply(as.matrix(table(mtcars[c('cyl', 'vs')])))

levels<-中的错误(*tmp*，value = as.character(levels))：因子4是重复的