使用heatmaply的热图和树状图的问题。R

Question

我感兴趣的是使用10个组之间的相似性百分比作为距离度量来获得树状图的热图。

数据结构如下：

af.w<-c(0,24.7,20.4,46.8,17.3,30,60.6,62.1,57.9,31.3)
af.g<-c(24.2,0,21.0,48.7,19.0,30.9,60.6,63.6,60.4,31.8)
af.e<-c(20.8,21.8,0,41.7,14.9,23.6,58.6,63.2,57.3,27.6)
af.h<-c(29.5,31.6,21.5,0,28.2,26.3,49.9,56.8,49.1,36.1)
af.s<-c(37.8,39.4,35.5,58.4,0,33.1,68.5,71.9,68.0, 47.7)
af.k<-c(61.8,61.8,56.8,69.3,51.3,0,75.6,78.9,74.8,64.0)
eu<-c(25.8,25.4,19.4,28.4,20.4,20,0,39.1,16.8,29.1)
asi<-c(18.5,21.3,18.5,29.0,20.0,18.6,28.8,0,24.0,22.0)
mi.ha<-c(27.4,31.6,23.9,32.7,25.8,23.1,23.9,40.5,0,30.9)
mi.aa<-c(20.6,19.7,15.1,44.1,18.7,23.6,56.3,58.6,54.2,0)
data<-cbind(af.w,af.g,af.e,af.h,af.s,af.k,eu,asi,mi.ha,mi.aa)
rownames(data)<-c("af.w","af.e","af.g","af.h","af.s","af.k","eu","asi","mi.ha","mi.aa")
data<-(100-data)

成对比较中，对角线两侧的百分比是不相等的。这是因为这些相似性百分比是通过比较不同大小的群体而获得的。其基本原理如下:在两个给定的种群(A组中的N=250和B组中的N=500 )中存在一定数量的元素，它们共享其中的80个元素。在这种情况下，A和B之间的相似度比例为32%，而B和A之间的相似度比例为16%。

使用package heatmaply和下面的脚本，我可以得到这个图：

heatmaply(data.2, margins = c(40, 130),
      seriate = "OLO")

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如您所见，在x轴上有两个互换的种群(af.g和af.e)。我相信这是因为使用这种配置构建上层树状图更容易。然而，我希望得到对角线正确对齐的这个图形，如果必要的话，忽略上面的树状图。

Answer 1

这是一个可行的解决方案：

heatmaply(data, margins = c(40, 130), Colv="Rowv", seriate = "OLO")

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