R heatmaply:在顶部显示高表达式值

Question

Heatmap with high expression values on the bottom

我是Rstudio的新手，我正在尝试使用r中的heatmaply函数创建热图，但在一些热图(具有不同的数据)中，高表达式值(红色)显示在顶部，而对于另一个数据集，高表达式值显示在底部，低表达式值显示在顶部，如图所示。

我对不同的数据集使用相同的代码

heatmaply(Heatmap_DEXFORM, dendrogram = "row", scale_fill_gradient_fun = scale_fill_gradient2(low="blue",high="red", midpoint=0,limits=c(-4,6))

这是我的数据形成方式的结果吗？有没有一个命令可以让热图翻转，这样高表达值就会显示在顶部，就像我的其他热图一样？

提前感谢！

Answer 1

热图通常基于hierarchical clustering而不是值的大小进行排序。要根据大小排序(顶部为高，反之亦然)，您需要提供树状图(如Tal建议的)或手动重新排序数据(例如，基于行和或行平均值(或列和/平均值))。

请看下面的玩具示例。

mat <- scale(mtcars)
heatmaply(mat, dend = "none")
heatmaply(mat[order(rowSums(mat)), ], dend = "none")