有没有办法指定在heatmaply中返回的kmeans集群的数量？

Question

我想从heatmaply为我的交互式热图返回特定数量的集群，就像我可以使用pheatmap和kmeans_k =参数一样。有没有办法用heatmaply做到这一点？

如果我有一个很大的矩阵，并且没有定义用heatmaply返回的簇的数量，那么计算热图就会花费太长的时间，否则我会得到错误：“vector memory exhausted(limit reached？)”。

library(pheatmap)
data(mtcars)
mat <- as.matrix(mtcars)

pheatmap(
  mtcars,
  border_color = "grey20",
  main = "",
  show_rownames = TRUE,
  show_colnames = TRUE,
  kmeans_k = 30,
  cluster_rows = F,
  cluster_cols = F
)

Answer 1

您希望使用k_col和/或k_row参数。

您可以在vignette中看到示例，但这只是一个简单的示例：

library("heatmaply")
heatmaply(mtcars, k_col = 2, k_row = 4)

输出：

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