从R中的heatmaply集群中获取属于每个集群的行名

Question

在R中使用heatmaply后，我尝试获取所有行元素的5个列表。我设置k_row =5，因此树状图显示5种不同的颜色。我只想返回一个包含5个列表的列表，其中每个列表都包含集群中的行元素。行是名称，列是类别。

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Answer 1

你可以直接从相同数据的树状图中获得聚类。例如：

heatmap = heatmaply(mtcars, k_row = 3,
                       dist_method = "euclidean", hclust_method ="complete")

要从相同数据中获取行聚类，请执行以下操作：

dend <- hclust(dist(mtcars, method = "euclidean"), method = "complete")
cutree(dend, k = 3)

cutree命令将返回dataset中每行的赋值。你会注意到它们的大小和热图中的一样大。这与heatmaply为集群着色运行的命令相同。