回答情况：
提问时间：
问题标签：
是否仍然可以将.biom表从QIIME转换为QIIME的“经典”OTU表格式，以便与资源管理器一起使用？我尝试运行biom-format.org上的命令。biom将-i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt -to-tsv-报头键分类法
biom转换:错误:没有这样的选项：
浏览 2提问于2014-12-10得票数 2
尝试读取biom文件后： system.file("extdata", "D:\sample_otutable.biom", package = "phyloseq")
import_biom(rich_dense_biom, treefilename, refseqfilename, parseFunction =parse_taxonomy_greengene
浏览 3修改于2017-05-17得票数 0
我有一个包含许多txt文件的文件夹，我想应用for do do循环将它们从txt转换为biom文件，下面是我所做的： for txt in folder/*.txtdone 但我拿到了一个组合的档案。如何修改上面的代码，将多个txt文件更改为biom文件，而不更改原始文件名？ 喜欢:从test.txt到test.biom
浏览 105提问于2019-01-11得票数 1
回答已采纳
我无法在我的macbook pro上使用pip install biom-format安装biom格式。Collecting biom-formatRequirement already satisfied: clickin /Library/Python/2.7/site-packages (from biom-format)
Requirement already satisfie
浏览 0提问于2016-12-07得票数 0
我无法使用pip install biom-format安装biom格式。这是我得到的错误。N85566:~ smitra$ pip install biom-format Using cached biom-format-2.1.5.tar.gzcopying biom/__init__.py -> build/lib.macosx-10.10-x86_64-2.7/biom
c
浏览 0提问于2016-04-07得票数 0
我想在R中导入一个从ftp服务器下载的.biom文件-地球微生物组项目(第1版)。该文件来自以下链接：我尝试使用其中几个文件，但我想在R(工作室)中导入的文件是第一个：'emp_cr_silva_16S_123.qc_filtered.biom‘(293 is )
emp<-import_biom(BIOMfilename = biom.file)either
浏览 0修改于2019-08-08得票数 0
我正在尝试使用命令BIOM add-metadata (元数据文件是206Bytes)将样本元数据添加到一个非常小的biom文件(658Bytes，2个样本)。然而，我发现使用biom版本2.1.8产生的文件(36.17KB)比我使用biom版本2.1.7 (615Bytes)大得多。我使用的机器已经安装了biom v2.1.7，但是当我尝试使用conda安装v2.1.7和2.1.8时，我看到了相同的行为。
浏览 8提问于2020-07-01得票数 0
是否可以在对象中直接查找轴的长度，或者是否需要执行如下操作，其中t是Table对象： length = t.shape[0] length = t.shape[1] raise UnknownAxisError(axis)
浏览 3修改于2014-09-26得票数 2
回答已采纳
数据文件：0 0 2008 0.53 0.20 110 4 2012 24.36 7.23 10我想提取两个唯一的BIOM值，即YR 2008和2013年的1和10，这样我就可以得到如下内容：
index BIOM_2008 BIOM
浏览 2提问于2015-11-23得票数 1
回答已采纳
1回答
filebiom_df = data.frame(read.table(biom_file, sep="\t", header=TRUE), stringsAsFactors=FALSE)otu_names &l
浏览 2提问于2015-01-06得票数 1
1回答
我使用的代码是：plot(fitemax)
plot(fitlinearlog)
fitlinear <-fitMod(dose, resp, data=biom, model=
浏览 0修改于2014-10-04得票数 1
分析的第一步是导入两个文件，一个是.BIOM文件(分类信息)，另一个是元数据文件(制表符分隔的.txt)。这两个文件都包含147个样本，列在第一列(#SampleID)，例如- 001,002,003…….010,011，…….147biom_file = "otu_table.biom"
biomot = import_biom(biom_file, parseFunction = parse_taxonomy_green
浏览 7修改于2017-09-15得票数 0
回答已采纳
1回答
；packageVersion("phyloseq")库(“ggplot2”)；packageVersion("ggplot2")mp0 = import_biom(biom1，parseFunction = parse_taxono
浏览 0修改于2018-01-18得票数 0
回答已采纳
我正在为biom (2.1.5)打包FreeBSD。现在，我已经到了运行biom会给出以下错误的时候了。您对调试有建议吗？我不是python开发人员，所以请温柔一点。Traceback (most recent call last): load_entry_point('biom-format==2.1.5', 'c
浏览 5修改于2016-05-26得票数 0
回答已采纳
http://tax4fun.gobics.de/Tax4Fun/Tax4Fun_0.3.1.tar.gz")我得到的错误是：我也尝试过直接安装biom它也不能工作
Bioconductorversion 3.
浏览 31提问于2019-11-23得票数 0
以前的版本没有通配符问题，并成功运行rule all: expand('common_taxonomic/abundance_table_{Rank}.biomMissingInputException in line 59 of /sysdata/Meta/pipeline/Snakefile:rule
浏览 13提问于2019-11-28得票数 1
因为到目前为止的分析是在Mothur中进行的，所以我不能使用biom作为输入( biom版本之间的不兼容，这一点我事先就知道了)。我将我的mothur biom文件转换为tsv文件，如下所示：biom convert -i *biom -o otu_table.txt --header-key taxonomy --table-type
浏览 6修改于2017-09-15得票数 0
我已经创建了一个表，下面是代码： ID INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULLFech_Pres DATE, Nota TEXT我试图用下面的代码创建一个外键表： Gastable BIT, P_Módulo BIT,
F
浏览 3提问于2016-07-22得票数 0
回答已采纳
return(filteredtaxo)
observeEvent(input$dofoldchanges, {
physeq = import_biom(rich_sparse_biom, pars
浏览 0修改于2018-06-28得票数 0
plot <- c(rep(1,4), rep(2,3))year <- c(1,1,3,3,2,5,13)
DT <- data.table(plot=plot, sp=sp,year=year,biom=biom) 所需的输出将如下所示 elapsed = c(年的第二次调查为+3，耗时为2年) 我一直在使
浏览 22提问于2021-02-09得票数 0
回答已采纳
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号