在linux中将txt转换为biom格式的应用程序

Question

我有一个包含许多txt文件的文件夹，我想应用for do do循环将它们从txt转换为biom文件，下面是我所做的：

for txt in folder/*.txt
do biom convert -i $txt -o *.biom --to-hdf5
done

但我拿到了一个组合的档案。

如何修改上面的代码，将多个txt文件更改为biom文件，而不更改原始文件名？

喜欢:从test.txt到test.biom

Answer 1

下面的代码应该可以解决这个问题(假设文件名中现在有空格)：

for txt in folder/*.txt
do biom convert -i $txt -o  ${txt%.txt}.biom --to-hdf5
done

bash替换${txt%.txt}剥离了.txt中的变量，我们在.biom的末尾添加了bash。