安装Tax4Fun时出现问题

Question

我正在尝试安装软件包"Tax4Fun“，但总是失败。

我尝试了两种不同的方法：

install.packages("devtools")
devtools::install_url("http://tax4fun.gobics.de/Tax4Fun/Tax4Fun_0.3.1.tar.gz")
library(Tax4Fun)

我得到的错误是：

ERROR: dependency 'biom' is not available for package 'Tax4Fun'

我也尝试过直接安装biom

BiocManager::install("biom")

它也不能工作

Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.1 (2019-07-05)
Installing package(s) 'biom'
Installation path not writeable, unable to update packages: boot, foreign, KernSmooth,
  mgcv, nlme, survival
Warning message:
package ‘biom’ is not available (for R version 3.6.1) 

我尝试直接安装Tax4Fun的另一种方法是

BiocManager::install("Tax4Fun")

我得到以下错误代码：

Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.1 (2019-07-05)
Installing package(s) 'Tax4Fun'
Installation path not writeable, unable to update packages: boot, foreign, KernSmooth,
  mgcv, nlme, survival
Warning message:
package ‘Tax4Fun’ is not available (for R version 3.6.1)

请帮助:)

Answer 1

您需要通过从源代码(http://tax4fun.gobics.de)下载包来安装它。然后这取决于你是在Linux/Mac上运行还是在Windows上运行。在命令行中，导航到包含.tar.gz下载包的文件夹。然后，您应该使用以下命令进行安装：

R CMD INSTALL Tax4Fun_0.3.1.tar.gz

但默认情况下不会安装依赖项。所以你需要手动安装依赖项，Qiimer和Biom，这两个在Cran上都是不推荐使用的。从Cran归档文件下载包后，可以使用相同的命令安装它们。

在此之前，您还需要在R中安装它们的依赖项：

install.packages("pheatmap")

install.packages("RJSONIO")

然后，您应该能够继续如上所述:首先从命令行安装Qiimer和Biom。然后从命令行执行Tax4Fun。

如果您在Windows上运行，您应该会遇到完全相同的问题，但不同软件包和依赖项的安装是不同的。您可以在http://tax4fun.gobics.de上查看自述文件