Snakemake通配卡意外更改

Question

我是Snakemake的新手，我遇到了一个让我苦苦挣扎的bug。我有一个这样的通配符：

 rank = ['Kingdom', 'Phylum', 'Class', 'Order', 'Family', 'Genus', 'Species']
 ordi = ['DCA', 'CCA', 'RDA', 'NMDS', 'MDS', 'NMDS', 'PCoA']

以前的版本没有通配符问题，并成功运行

上一版本的规则都是这样的：

rule all:
  input:
    expand('common_taxonomic/abundance_table_{Rank}.biom', Rank = rank),
    directory('Gene/gene_Venn'),
    directory('Gene/gene_samples_heatmap'),
    directory('taxa_ternaryplot'),
    directory(expand('beta/PCA/{Rank}', Rank = rank))
  benchmark:
    "Check_utility.tsv"

但是当我像这样交换通配符位置时

directory(expand('beta/{Rank}/PCA/', Rank = rank)),
directory(expand('beta/{Rank}/{Ordi}', Rank = rank, Ordi = ordi))

我得到了这个错误

Building DAG of jobs...
MissingInputException in line 59 of /sysdata/Meta/pipeline/Snakefile:
Missing input files for rule biom_convert:
common_taxonomic/Table_taxa_NR_Kingdom/CCA.txt

如您所见，排名通配符是用/PCA或/{ordi}加长的。我对此很困惑，我是不是写错了代码？

我的biom_convert规则是：

rule biom_convert:
  input: 'common_taxonomic/Table_taxa_NR_{rank}.txt'
  output:'common_taxonomic/abundance_table_{rank}.biom'
  shell:'biom convert -i {input} -o {output} --table-type="OTU table" --to-json'

Answer 1

我不确定我们是否得到了解决它所需的完整信息，但我们仍然可以尝试:)。

通配符的名称完全是任意的，您可以随心所欲地命名它们。如果您将通配符命名为rank，则它与其他规则的通配符没有任何关系。实际上，在一个规则中通配符rank的值可以是什么，在另一个规则中可以是ordi的通配符的值！

因此，我们要做的是确保输出规则正确区分等级和顺序：

rule biom_convert:
    input:
        'common_taxonomic/Table_taxa_NR_{rank}.txt'
    output:
        'common_taxonomic/abundance_table_{rank}/{ordi}.biom'
    shell:
        'biom convert -i {input} -o {output} --table-type="OTU table" --to-json'

如果需要，可以通过global wildcard constraints强制使用rank和ordi的通配符

wildcard_constraints:
    rank='|'.join(rank)
    ordi='|'.join(ordi)

现在我不确定这是否能解决你的全部问题，但它肯定会把你推向正确的方向。