从R中的桶形图中移除线条

Question

我使用RStudio为元数据创建了一个桶形图。

plot_bar(mp3, "Sampletype", fill = "Family", title = title)

但我在酒吧里要排队，我需要没有线的清楚的酒吧。该怎么做呢？

​

​

库(“phyloseq”)；packageVersion("phyloseq")

图书馆(“生物格式”)；packageVersion(生物格式)

库(“ggplot2”)；packageVersion("ggplot2")

库(“phyloseq”)；packageVersion("phyloseq")

图书馆(“生物格式”)；packageVersion(生物格式)

库(“ggplot2”)；packageVersion("ggplot2")

biom1 = biomformat::read_biom(biom_file = "otu_table.json.biom")

mp0 = import_biom(biom1，parseFunction = parse_taxonomy_greengenes)

tax_table(mp0) <- tax_table(mp0)，1:7

treeFile1 = "rep_set.tre“

tree1 = read_tree(treeFile1)

tree1

类(Tree1)

mp2 = merge_phyloseq(mp1，tree1) mp2 repseqFile = "seqs_rep_set.fasta“

bs1 =Biostring：：readDNAStringSet(RepseqFile)名称(Bs1) <- gsub("\s.+$“、"”、names(bs1))

sum(名称( bs1) %in% taxa_names(mp2)) mp3 = merge_phyloseq(mp2，bs1)

plot_bar(mp3，"Sampletype"，fill = "Family"，title = title)

Answer 1

来自phyloseq包的phyloseq使用ggplot进行绘图。您可以通过在控制台中键入plot_bar代码来查看plot_bar代码，这将产生以下结果：

function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, 
          facet_grid = NULL) {
    mdf = psmelt(physeq)
    p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
    p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack", color = "black")
    p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
    if (!is.null(facet_grid)) {
        p <- p + facet_grid(facet_grid)
    }
    if (!is.null(title)) {
        p <- p + ggtitle(title)
    }
    return(p)
}

如您所见，该函数包括以下语句：

geom_bar(stat = "identity", position = "stack", color = "black")

color="black"参数是导致黑线的原因。这是一个非常基本的条形图，您可以根据以下代码创建自己的函数：

library(phyloseq)

my_plot_bar = function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, 
                        facet_grid = NULL) {
    mdf = psmelt(physeq)
    p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
    p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack")
    p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
    if (!is.null(facet_grid)) {
        p <- p + facet_grid(facet_grid)
    }
    if (!is.null(title)) {
        p <- p + ggtitle(title)
    }
    return(p)
}

注意，唯一的改变是我已经删除了color="black"。现在您可以运行my_plot_bar而不是plot_bar，并在没有黑线的情况下获得一个条形图。

my_plot_bar(mp3, "Sampletype", fill = "Family", title = title)