问将biom转换成经典格式？
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Stack Overflow用户

提问于 2014-12-10 16:39:40

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是否仍然可以将.biom表从QIIME转换为QIIME的“经典”OTU表格式，以便与资源管理器一起使用？我尝试运行biom-format.org上的命令。

biom将-i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt -to-tsv-报头键分类法

但还给出了一个错误：

biom转换:错误:没有这样的选项：--到-tsv

有什么想法吗？

发布于 2015-03-12 09:33:54

我也在使用QIIME，并阅读了来自沃纳实验室的教程。在这里，我已经成功地将一个.biom表转换成一个文本文件，也使用了biom convert命令。也许您可以在命令行那里中找到澄清：

biom convert -i otu_table.biom -o otu_table_tabseparated.txt -b --header-key="taxonomy" --output-metadata-id="Consensus Lineage"

干杯，丹尼斯

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/27406279

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