用于FreeBSD的封装生物

Question

我正在为biom (2.1.5)打包FreeBSD。

根据文档，最初我使用它依赖于pynumpy和h5py，但深入了解我认为它也应该依赖于：

py27-click-6.6
py27-future-0.14.3
py27-pyqi-0.2.0
py27-scipy-0.16.1.

现在，我已经到了运行biom会给出以下错误的时候了。您对调试有建议吗？我不是python开发人员，所以请温柔一点。

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/biom", line 9, in <module>
    load_entry_point('biom-format==2.1.5', 'console_scripts', 'biom')()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 547, in load_entry_point
    return get_distribution(dist).load_entry_point(group, name)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 2720, in load_entry_point
    return ep.load()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 2380, in load
    return self.resolve()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 2386, in resolve
    module = __import__(self.module_name, fromlist=['__name__'], level=0)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/biom/__init__.py", line 51, in <module>
    from .table import Table
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/biom/table.py", line 188, in <module>
    from future.utils import string_types
ImportError: cannot import name string_types

Answer 1

在未来的0.14.3，没有string_types在future.utils。(虽然文件中提到了这一点)。查看0.14.x分支的未来的github回购。

在编写本报告时，未来模块的当前版本为0.15.2。因此，在biom开始工作之前，需要更新端口。我建议联系那个港口的维护人员。