在Phyloseq中以制表符分隔的.txt映射文件中保留前导零

Question

我正在使用phyloseq包在R中进行微生物组数据分析。分析的第一步是导入两个文件，一个是.BIOM文件(分类信息)，另一个是元数据文件(制表符分隔的.txt)。

这两个文件都包含147个样本，列在第一列(#SampleID)，例如- 001,002,003…….010,011，…….147

我可以通过以下命令成功导入BIOM文件-

biom_file = "otu_table.biom"
biomot = import_biom(biom_file, parseFunction = parse_taxonomy_greengenes)

但当我尝试使用此公式导入元数据.txt文件时，

map_file = "map2.txt"
bmsd = import_qiime_sample_data(map_file)

它从#SampleID列的示例名称中删除所有前导零。因此，我无法在后续的分析步骤中合并这两个文件。有没有人能帮帮我，我怎样才能将那些样本名称中的前导零保留在#SampleID列中。

谢谢你的帮助。

.txt输入文件中的数据结构

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Answer 1

import_qiime_sample_dat定义为：

import_qiime_sample_dat <- function (mapfilename) 
{
  QiimeMap <- read.table(file = mapfilename, header = TRUE, 
    sep = "\t", comment.char = "")
  rownames(QiimeMap) <- as.character(QiimeMap[, 1])
  return(sample_data(QiimeMap))
}

如您所见，使用read.table，它会自动将包含数字的列转换为整数/数字，从而删除前导零。

为了避免这种情况，您可以指定要在txt -> data.frame转换中使用的所需列类，但不幸的是import_qiime_sample_dat不允许这样做。

因此，您应该手动导入文件：

tmpDF <- read.table(file = mapfilename, header = TRUE, sep = "\t",
                    comment.char = "", colClasses = 'character')
row.names(tmpDF) <- as.character(tmpDF[[1]])
bmsd <- sample_data(tmpDF)