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有没有人知道是否有可能将SNP坐标从Hapmap数据库转换为新的参考基因组GRCh38。UCSC还没准备好升力器。有什么建议吗？
浏览 1提问于2014-02-20得票数 0
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我想要阅读基因组中特定区域的所有呼叫。与基因型无关(等于参考基因组或交替、编码或非编码区)。假设所有的基因组都被测序了。我应该看下面哪个表？我正在使用谷歌BigQuery基因组学数据，需要解释以下文件扩展名之间的差异：*.genome_calls *.variants *.multisample_variants *.single_sample_genome_calls
浏览 4提问于2017-12-07得票数 0
我有一个定制的参考基因组，gene.fa和18个床文件。我正在考虑从参考基因组中复制/粘贴感兴趣序列的区域，并将其对齐以生成我的床文件。问题是，我的参考基因组是一个三聚体，所以这个序列被重复了三次，在比对中会出现错误。
有更好的方法吗？
浏览 12提问于2022-05-25得票数 0
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我有一个50 do的*.CRAM文件，我需要把它转换成*.SAM文件，我的参考基因组是hg38，我从星云基因组学得到了这个基因，我该怎么做呢？
浏览 6修改于2022-05-20得票数 0
我一直在尝试使用"bedtools coverage“命令来评估我的基因组集合的覆盖率和任何倒置的存在等等。我肯定对某些事情有一个根本的误解:我使用BWA从我的illumina读取和参考基因组创建了一个BAM文件。我的印象是，这份BAM文件是我与上述基因组的比对。那么为什么我需要将基因组输入到床上工具的覆盖范围--我的BAM文件不应该已经包含了相关的基因组吗？对于如何处理这个问题，或者第二个合适的输入是什么，有什么建议吗？
浏览 0提问于2018-12-12得票数 0
在我的工作流程中，我有一个样本表，其中包含应该分析的所有样本+查找输入文件的路径+应该使用的参考基因组。所有这些都是特定于样本的。在我的配置文件中，我有一个参考基因组的列表，以及每个参考基因组的文件路径列表，具体取决于工具。在执行每个样本的比对的规则中，我需要加载其中的一些文件，但需要以特定于样本的方式加载，因为所有样本的参考基因组可能并不相同。然后，在chrom_sizes=config[reference]['chrom_sizes&#x
浏览 8修改于2018-02-23得票数 0
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将测试读数映射到参考基因组。参照串可以是由A、C、T和G的组合构成的一百万个碱基对，
那么，将测试称为匹配、突变、SPM不匹配、雪茄等的标准是什么？我从一个角度思考，如果我必须用我喜欢的语言写我的领结，那么我需要遵循的测试阅读，参考基因组比较规则。
浏览 7修改于2013-06-13得票数 0
我有一些在SQLServer2016Express中的基因组数据，它目前是用一个参考基因组和由一个SubjectID、基因和密码子(例如一个三元组)分割的参考基因组和测试基因组的长格式形成的。我真正需要的是将我的数据重组成一个元组连接在一起的数据，但只有当元组中存在一个突变(与参考基因组相比)时。对于每个人来说，这将是一个更有用的格式。gyrA', 78,'T','T', 96,2),
('
浏览 4修改于2017-11-20得票数 0
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我有一个包含不同参考基因组中的基因的数据集。因此，参考基因组在行中，基因在表的列中。该表编码为二进制，其中0表示该基因缺失，而1表示该基因存在。我做了基因积累曲线，这表明每个基因组的基因数接近一个平台。
浏览 1提问于2021-06-06得票数 0
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1)生成我的新组装的转录本的BED文件(基于人类参考基因组的坐标。下面称为"human_refseq_nooverlap_bed“的文件)；3
浏览 2修改于2013-09-18得票数 0
我正在使用bowtie2-build为我的参考基因组创建索引，但根据基因组大小的不同，bowtie2会创建具有不同扩展名的索引文件：.bt2用于小基因组，.bt21用于大基因组。reference/{params.output_prefix}" 但现在，snakemake将始终查找所有扩展名的输出，这将在运行时给出错误，因为只有具有两个扩展名.bt2或.bt21之一的文件才会根据基因组大小实际创建
浏览 52提问于2021-10-05得票数 2
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我正在尝试编辑人类参考基因组，它只是一个大约5 5Gb的文本文件。问题是，当我试图在vim或gedit中打开它以进行更改时，我的系统冻结了。有没有办法降低对内存/CPU的要求？
浏览 4提问于2016-11-22得票数 0
我想使用NCBI BLAST+针对一个参考基因组对几个序列进行BLASTn，并且只输出带有登录号、E值和其他信息的行，从BLAST+输出(因为从BLAST+输出有几条无关的行)输出到csv。我有这些文件：参考基因组：botznik-chr.fa下面是我编写的执行以下代码的代码
浏览 2提问于2018-07-27得票数 1
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在一个文件夹中，我有我在GTF中的参考基因组在这个文件夹中，我有我的领结索引文件。在其他文件夹中，我有我的抄本的两个拆分的fasta文件。我放置了命令tophat，但似乎找不到bowtie索引文件。我用build命令创建了它们，并从.gff中的JGI下载了我的参考基因组，后来我将其转换为.gtf。
对我做错了什么有什么建议吗？
浏览 0修改于2015-03-22得票数 0
我正在尝试建立一条蛇制造管道，它可以再次比对读取一个参考基因组。索引基因组的规则有一个参数，该参数需要与基因组映射的读取的最大长度。管道可以接受任何给定数量的样本来与基因组进行映射，但只有样本中最长的读取长度应该用于构建索引(我宁愿只使用一次) 有什么方法可以做到这一点吗？
浏览 54修改于2020-07-14得票数 0
我有两个联系在一起的范围(一个可能的基因组重排，一个起始范围和一个结束范围)，我想过滤掉母亲基因组中相同的范围
我已经找到了如下的停止和开始范围(chr编号，间隔开始，间隔结束)，其中左侧的3列表示重排的开始，右侧的3列表示重排的结束(它们是名为SVDetect的程序的输出，该程序使用NGS数据来寻找与参考基因组具有异常比对的配对)。我有两个基因组，母克隆和女儿，并希望找到对女儿唯一的重排=我想过滤掉两个范围与另一个范围中两个范围的同一行重叠的行。范围可能略有不同，但如果两个范围重叠，这将强烈表明重排已经
浏览 3修改于2014-12-19得票数 2
#source=PLINKv1.90 ##contig=<ID=1，length=249212497> ##INFO=<ID=PR，Number=0，Type=Flag，Description=“临时参考等位基因，可能不是基于真实参考基因组”> ##FORMAT=<ID=GT，Number=1，Type=String，Description=-1117F_ GTEX-111CU_GTEX-111CU _ GTEX#source=PLINKv1.90 ##contig=<ID=1，length=249212
浏览 5提问于2022-02-14得票数 0
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1000基因组计划为我们提供了数千人的DNA序列相对于人类参考DNA序列“变异”的信息。变体存储在文件中。我的问题是:它是否已经存在，有些工具可以很好地执行任务，或者我必须自己编写脚本。
浏览 7修改于2020-10-05得票数 4
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我有两组成对比对，其中查询基因组1 (q1)与参考基因组对齐，查询基因组2 (q2)与同一参考基因组对齐。因此，我和参考基因组中的坐标系都是对齐的。对齐以GRanges对象的形式出现。我想将q2的断点投影到q1上，方法是在中心对齐q1的断点，并在参考基因组坐标系统中寻找围绕q1断点的任何q2断点聚类。
因此，我使GRanges对象的q1与它的断点在中心。例如，如果q1中有一个相对于参考基因组
浏览 6修改于2019-12-24得票数 1
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