如何使用床上工具覆盖率来评估基因组组装？

Question

我一直在尝试使用"bedtools coverage“命令来评估我的基因组集合的覆盖率和任何倒置的存在等等。我肯定对某些事情有一个根本的误解:我使用BWA从我的illumina读取和参考基因组创建了一个BAM文件。我的印象是，这份BAM文件是我与上述基因组的比对。那么为什么我需要将基因组输入到床上工具的覆盖范围--我的BAM文件不应该已经包含了相关的基因组吗？对于如何处理这个问题，或者第二个合适的输入是什么，有什么建议吗？

Answer 1

床上工具覆盖不需要你的基因组。你只需要你的bam文件和基因组大小文件。

我猜他们的名字确实有点让人迷惑。不过，如果您看到他们的"-d“示例

https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/genomecov.html

"my.genome“只有两列，第一列是染色体，第二列是列的大小。

如果你的输入是bed文件，他们需要这个，我猜他们只是没有通过读取头文件来特别支持bam文件。