如何用Vegan绘制R中的稀疏曲线？

Question

我有一个包含不同参考基因组中的基因的数据集。因此，参考基因组在行中，基因在表的列中。该表编码为二进制，其中0表示该基因缺失，而1表示该基因存在。我做了基因积累曲线，这表明每个基因组的基因数接近一个平台。现在，我试图用R包vegan绘制稀薄曲线.我使用了以下密码：

b<-read.csv("data.csv", header = T, check.names = F)
S <- specnumber(b) # observed number of species
(raremax <- min(rowSums(b)))
Srare <- rarefy(b, raremax)
plot(Srare, xlab = "Observed No. of genes", ylab = "Rarefied No. of genes")
abline(0, 1)
rarecurve(b, step = 15, sample = raremax, col = "blue", cex = 0.6)

数据集如下所示：

          gene1 gene2 gene3
#genome1    0     1     0
#genome2    1     0     1
#genome3    1     0     1

但是，使用这段代码我没有得到任何令人满意的输出。我只有一条直线穿过对角线。我已经附上了下面的输出。

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有人能建议我如何纠正输出吗？

谢谢。

Answer 1

rarefy函数细化数据的各个行:它接受每个行中出现的事件(“个人”)的子样本。如果所有抽样个体的值都是1，那么你就会得到一个子样本，而这些样本的总和就是样本的大小:这就是你得到的。没有任何有意义的方法来重新填充一个向量:您需要计数数据的一些计数> 1。

当对矩阵的行进行次采样时，您可能在整个数据集中寻找基因的积累。这是在纯素函数specaccum (参数method = "exact")中完成的，它有自己的plot等方法。