如何生成自定义床文件，以用于床头工具的相交？

Question

我有一个定制的参考基因组，gene.fa和18个床文件。我想要生成一个床文件，其中包含一个感兴趣的区域，5100-5600 bp，作为一个单一的条目，我可以使用我的18个床文件上的床工具相交，用于交叉口。

我正在考虑从参考基因组中复制/粘贴感兴趣序列的区域，并将其对齐以生成我的床文件。问题是，我的参考基因组是一个三聚体，所以这个序列被重复了三次，在比对中会出现错误。

有更好的方法吗？你能使用与文本文件相交的工具吗？

我是新的生物信息学和测序，所以我可能是过度思考这个问题。

Answer 1

床文件是文本文件，因此，如果您只有少量感兴趣的区域，并且知道它们的坐标，则可以使用文本编辑器编写该文件。见床文件规范。

如果你只有你的ROI序列，你可以通过调整它与基因组的坐标，例如通过BLAST。如果序列多次出现在基因组中，它不应导致错误，但您需要知道哪一条对齐是与您真正的ROI一致的，或者将它们作为单独的条目包含在BED文件中。