将CRAM文件转换为SAM文件

Question

我有一个50 do的*.CRAM文件，我需要把它转换成*.SAM文件，我的参考基因组是hg38，我从星云基因组学得到了这个基因，我该怎么做呢？

Answer 1

samtools view -T path/to/ref_genome -o out.sam in.cram

请注意，这将是一个巨大的文件，数以百计的GBs，想想这是否真的是您所需要的，或者下游处理是否可以直接使用CRAM或BAM，而不是SAM，这是一个普通的未压缩文本文件。