我无法运行我的tophat函数

Question

我正在使用tophat命令进行一次转写程序集。在一个文件夹中，我有我在GTF中的参考基因组在这个文件夹中，我有我的领结索引文件。在其他文件夹中，我有我的抄本的两个拆分的fasta文件。我放置了命令tophat，但似乎找不到bowtie索引文件。我使用的是tophat 1.41，这六个bowtie文件都是.ebwt格式的。

我正在键入下一条命令

tophat -o myfolder --mate-inner-dist 50 --mate-std-dev 20 -p 5 
/file/file1/myfolder/myfolder2/referencegenome.gtf /file/file1/myfolder/myfolder2 
/file/file1/myfolder/transcriptome_1.fastq /file/file1/myfolder/transcriptome_1.fastq

在我的folder2中，我有我的ebwt文件。我用build命令创建了它们，并从.gff中的JGI下载了我的参考基因组，后来我将其转换为.gtf。

对我做错了什么有什么建议吗？什么tophat命令无法找到这些文件，即使它们在myfolder2中。

Answer 1

一些评论1.将你的fastq读数映射到参考基因组或转录组。而不是程序集。

1. 如果你有一个像referencegenome.fa这样的参考基因组，那么你需要使用建立一个索引。在这种情况下，建议使用与基因组fasta文件相同的前缀来命名索引，即referencegenome。

然后，您将看到referencegenome.ebwt文件以及您的referencegenome.fa和referencegenome.gtf文件都在同一目录中

但使用TopHat时，您需要调用引用和已索引基因组，方法是将其称为referencegenome (仅使用已索引文件的前缀。不需要添加gtf、ebwt或fa结尾)。

您是通过调用gtf文件来完成此操作的，因此无法找到索引文件。也不是参考基因组，所以TopHat不能为你建立索引

我还建议你访问seqanwers.com和biostars.org，这两个专门的论坛都是关于NGS和Gregor是对的。这与R无关