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我在运行这样一条蛇形管道：snakemake -s $snakefile --configfile test.conf.yml --cluster"snakemake -s $snakefile --configfile test.conf.yml --cluster "python $qsub_script">
from snakemake.utils import read_job_p
浏览 3修改于2019-12-30得票数 5
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在尝试运行snakemake时，我总是必须安装/下载conda。(snakemake) (ec2-user)$ bash run_snakemake.shCreating conda environment ..我注意到conda安装在.snakemake/文件夹中。
浏览 22修改于2022-02-25得票数 1
我想在“后台”运行snakemake，并在这些作业运行时得到我的提示。我知道这可以使用tmux、screen或&来完成，但是有更好的方法吗？我想提交一个包含snakemake命令的bash包装脚本是一种选择，但我认为我对工作流缺乏一些了解。
浏览 1提问于2016-12-11得票数 0
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我在尝试运行调用R脚本的snakemake规则时遇到问题。相关的snakemake规则如下所示： rule summarize_transcripts: lineages = expand("..- pandas - r-essentials - bioconductor-tximport 为什么R不能识别snakemake文档中描述的snakemake输入？我运行的是snakemake<
浏览 78提问于2021-06-30得票数 0
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我尝试使用snakemake --tibanna创建的"Unicorn“步骤函数在亚马逊网络服务上部署Snakemake。参数示例(在没有Snakemake的情况下运行Tibanna时)：
谢谢!
浏览 3提问于2020-03-10得票数 1
envvars:
"PASS" 如果我忘记在shell中指定它们，使用snakemake -n的预演将提醒我设置它。尽管我设置了环境变量，但我在集群执行后遇到了下面的snakemake错误。由于snakemake错误，作业永远不会启动。/Snakefile", line 11, in <module> 在使用snakemake --jobs 2 --latency-wait 30 --cluster "qsub ..."执行snakem
浏览 23修改于2020-07-29得票数 0
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我想用snakemake制作一个生物信息学管道，我在谷歌上搜索了它，阅读了文档和其他东西，但我仍然不知道如何让它工作。from os.path import join
SAMPLE_DIR我通过"snakemake -np -s align.snakemake“运行这个文件，得
浏览 3提问于2017-09-25得票数 0
我在用snakemake来运行我的管道。raw.txt" """ """
在next_rule中，软件只需要文件所在的文件夹，而不需要文件名，但是由于snakemake有没有一种方法可以让snakemake按顺序运行规则，而不需要将前面的输出作为输入？
浏览 2提问于2021-01-29得票数 1
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我试图使用snakemake的shell命令中的samtools重新标头将染色体编号从0-9XY更改为Chr0-9XY。-9XY]*\)/SN:chr\1\/' -e 's/SN:MT/SN:chrM/' |samtools reheader - {input} > {output}"shell:
samtools view -H /Users/
浏览 6修改于2021-12-12得票数 0
现在，当我在Snakemake规则的外壳命令中包含sbatch时，我没有得到所需的输出文件，因为它需要一段时间才能运行，并且当sbatch返回时，命令仍在运行。我认为Snakemake认为我没有所需的输出文件，因为它认为命令在提交的作业完成之前“完成了执行”。 如何使用Snakemake文件中的sbatch命令在一个slurm节点中提交每个规则
浏览 31提问于2021-01-24得票数 1
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Snakemake目前就像亚马逊S3和我的本地硬盘之间的一面镜子。
S3 = S3RemoteProvider(acces
浏览 9修改于2022-02-05得票数 1
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我正在尝试运行一个Snakefile，我检查了它对少量文件起作用，但是当我试图使用更多的输入文件运行它时，它一直给我这个错误：Killedsnakefile看起来如下所示：OUTPUT_FILE = 'output_{hmm}/{species}_{hmm}.out'
INPUT_FILE = &
浏览 6修改于2022-01-21得票数 0
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, 'C052006-C', 'C052007W-B', 'C052003-C', 'C014064bW', 'C052005-B', 'C052006-A', 'C052005-A'] 错误： $ snakemakerunfolder_report: reports/C014044p.xlsx
sample_report: reports/C014044p.xlsx 如果我正确理解了Snake
浏览 10提问于2019-10-02得票数 1
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$ snakemake --cluster "sbatch --job-name=snakemake" --jobs 200 --latency-wait 1000
当我执行以下命令时，一些文件不会运行，Snakemake也不会终止。我尝试编写一个包含上述snakemake命令的bash脚本，并执行了sbatch script.sh，但没有在Snakefile中提交作业。有没有办法不让snakemake等待sbatch作业完成执行？
浏览 8提问于2021-02-22得票数 0
我让Snakemake连接到一个S3帐户，我想在处理管道后删除某些temp()文件。 '{params.fp}/rep_element_pipeline/'snakemake --default-remote-provider S3 --default-remote-prefix '$
浏览 5修改于2022-08-06得票数 1
我目前有一个snakemake管道，在集群上运行多个作业。我想早点取消我的工作，而snakemake文档说我可以使用--cluster-cancel选项。然而，它没有任何如何使用它的例子。所以，我尝试使用snakemake --cluster-cancel "qdel"，但是当我这样做时，它会返回错误
snakemake: error: unrecognized arguments: -
浏览 16提问于2022-10-06得票数 1
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我有以下问题:我的Snakemake程序无法识别我生成的python脚本的输出。此外，当再次运行时，snakemake希望再次运行所有输入文件，尽管有些输出文件已经存在。有人有什么建议吗?我还能尝试些什么？这是我使用的snakemake命令：下面是我的蛇形：cell_lines = os.listdir
浏览 1修改于2020-12-31得票数 0
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编辑：channels: - conda-forge - snakemake-minimal/log/2020-06-30T161824.906217.snakemake.logsnakemake --cores all --use-conda -Look above for error message
Complete log: &#x
浏览 0修改于2020-07-03得票数 1
Snakemake/AS-{num }_R1_val_1.fq", shell:}_R1_val_1.fq", output:
"/pa
浏览 45修改于2019-04-10得票数 0
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