MissingOutputException与Snakemake

Question

我有以下问题:我的Snakemake程序无法识别我生成的python脚本的输出。我尝试了这两种方法，将输出写到stdout，并从那里写入正确的输出文件，并直接从python脚本(这是下面的版本)编写。

将--latency-wait设置为600也于事无补。其他用户报告说，运行ls会有所帮助，我在等待延迟时尝试了这一点，但这也无济于事。此外，当再次运行时，snakemake希望再次运行所有输入文件，尽管有些输出文件已经存在。有人有什么建议吗?我还能尝试些什么？这是我使用的snakemake命令：

snakemake -j 2 --use-conda

下面是我的蛇形：

import os

dir = "my/data/dir"
cell_lines = os.listdir(dir)
files = os.listdir(dir+"GM12878/25kb_resolution_intrachromosomal")
chromosomes = [i.split("_")[0] for i in files]

rule all:
        input:
                expand("~/TADs/{cell_lines}_{chromosomes}_TADs.tsv", cell_lines = cell_lines, chromosomes = chromosomes)

rule tad_calling:
        input:
                "my/data/dir/{cell_lines}/25kb_resolution_intrachromosomal/{chromosomes}_25kb.RAWobserved"

        output:
                "~/TADs/{cell_lines}_{chromosomes}_TADs.tsv"

        benchmark:
              "benchmarks/{cell_lines}_{chromosomes}.txt"

        conda:
                "my_env.yaml"

        shell:
                """
                python ~/script.py {input} {output}
                """

Answer 1

我认为问题在于倾斜(~)，snakemake没有扩展这些(或者$HOME)。它以这些作为字面路径。你可以这样做：

from pathlib import Path
home = str(Path.home())

rule tad_calling:
    ...
    output:
        f"{home}/TADs/{cell_lines}_{chromosomes}_TADs.tsv"
    ...