如何使用snakemake -集群-取消？
如何使用snakemake -集群-取消？
提问于 2022-10-06 18:48:25
我目前有一个snakemake管道，在集群上运行多个作业。我想早点取消我的工作，而snakemake文档说我可以使用--cluster-cancel选项。然而，它没有任何如何使用它的例子。我使用的集群取消了qdel的作业。所以，我尝试使用snakemake --cluster-cancel "qdel"，但是当我这样做时，它会返回错误
snakemake: error: unrecognized arguments: --cluster-cancel
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2022-10-08 22:00:57
--cluster-cancel是7.0.0版中引入的一个特性。如果您能够在集群上使用该功能或更新版本，则应该能够使用该功能。
Stack Overflow用户
发布于 2022-10-06 19:43:47
我还没有使用--cluster-cancel特性，但是每当我想在集群上杀死一堆蛇形作业时，我就有下面的例程。
中断snakemake管道：^C
- Kill集群上的现有作业：
bkill 0(杀死所有作业)或bkill [jobid]
- Unlock snakemake管道供将来使用：
snakemake --unlock
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/73978737
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