Snakemake运行规则

Question

我在用snakemake来运行我的管道。

rule fisrt_rule:
    input: "{sample}/path/to/{sample}.txt"
    output: "{sample}/path/to/{sample}.stat"
    shell:
        """
        do something
        """
        
rule next_rule:
    input:
        folder="{sample}/path/to/",
    output:
        raw="{sample}/path/to/{sample}.raw.txt"
    shell:
        """
        do something
        """

在next_rule中，软件只需要文件所在的文件夹，而不需要文件名，但是由于snakemake不接受前面的规则，所以它说files do not exist。有没有一种方法可以让snakemake按顺序运行规则，而不需要将前面的输出作为输入？

Answer 1

您可以在shell脚本中提取目录名：

rule next_rule:
    input:
        folder= "{sample}/path/to/{sample}.stat",
    output:
        raw= "{sample}/path/to/{sample}.raw.txt"
    shell:
        """
        folder=`dirname {input.folder}`
        do something $folder
        """

是否有一种方法可以告诉snakemake按顺序运行规则，而不必将前面的输出作为输入？

也许你可以想出一些逻辑来做这件事，但我认为你会违背蛇形蛋糕的目的和设计原则。