预装conda envs Snakemake

Question

在尝试运行snakemake时，我总是必须安装/下载conda。

(snakemake) (ec2-user)$ bash run_snakemake.sh
Building DAG of jobs...
Creating conda environment ../envs/svg_env.yaml...
Downloading and installing remote packages.

有预装的方法吗？我注意到conda安装在.snakemake/文件夹中。

Answer 1

根据文档，运行它将创建env：

snakemake --use-conda --conda-create-envs-only

相关引文：

Conda部署对于脱机或空隙环境也很好。运行snakemake --use-conda --conda-create-envs-only只会安装所需的conda环境，而不会运行完整的工作流。--use-conda的后续运行将使用本地环境，而不需要访问internet。

Answer 2

@SultanOrazbayev对预安装有正确的答案，但基于您每次重新安装的问题，我还想指出，在默认情况下，snakemake将其.snakemake dir放在工作目录中。如果您正在多次使用它来运行您的工作流，它可能会导致环境重新安装。为了防止这种情况，可以设置singularity-prefix和conda-prefix选项。

同样值得注意的是，虽然它被称为conda-create-envs-only，但如果您使用use-singularity运行，它也会设置奇异图像。