Snakemake和sbatch

Question

我有一个Snakefile，它有一个发送7个不同shell命令的规则。我希望在sbatch中运行这些外壳命令中的每一个，并且希望它们在不同的slurm节点中运行。现在，当我在Snakemake规则的外壳命令中包含sbatch时，我没有得到所需的输出文件，因为它需要一段时间才能运行，并且当sbatch返回时，命令仍在运行。我认为Snakemake认为我没有所需的输出文件，因为它认为命令在提交的作业完成之前“完成了执行”。

如何使用Snakemake文件中的sbatch命令在一个slurm节点中提交每个规则

Answer 1

我怀疑你所做的是：

rule one:
    input:
        ...
    output:
        ...
    shell:
        """
        sbatch [sbatch-options] "some-command-or-script"
        """

你想要的可能是：

rule one:
    input:
        ...
    output:
        ...
    shell:
        """
        some-command-or-script
        """

将被执行为

snakemake --cluster "sbatch [sbatch-options]"

这样，每个规则都会将其作业发送到集群，而snakemake将处理这些作业。如果您希望规则在本地(而不是通过sbatch)执行其作业，请使用指令localrule标记该规则(有关更多详细信息，请查看文档)