Snakemake - Tibanna配置支持

Question

我尝试使用snakemake --tibanna创建的"Unicorn“步骤函数在亚马逊网络服务上部署Snakemake。

我似乎找不到一种方法来改变Tibanna接受的不同参数，比如哪个子网、AZ或安全组将用于实际部署的EC2实例。

参数示例(在没有Snakemake的情况下运行Tibanna时)：https://github.com/4dn-dcic/tibanna/blob/master/test_json/unicorn/shelltest4.json#L32

谢谢!

Answer 1

你注意到这个选项了吗？

snakemake --帮助

--tibanna config TIBANNA_CONFIG TIBANNA_CONFIG ...其他tibanan配置，例如--tibanna config spot_instance=true subnet=安全group=

我想它是最近添加的。

-jk