snakemake envvar不会传递给集群执行(snakemake抛出错误)

Question

我定义了要传递给shell脚本的envvars。

envvars:
    "PASS"

如果我忘记在shell中指定它们，使用snakemake -n的预演将提醒我设置它。执行在我的本地机器上运行良好，但是我没有设法将envvar传递到我的集群环境中。尽管我设置了环境变量，但我在集群执行后遇到了下面的snakemake错误。由于snakemake错误，作业永远不会启动。

WorkflowError in line 10 of /home/workflows/Snakefile:
The following environment variables are requested by the workflow but undefined. Please make sure that they are correctly defined before running Snakemake:
PASS
  File "/home/workflows/Snakefile", line 11, in <module>

在使用snakemake --jobs 2 --latency-wait 30 --cluster "qsub ..."执行snakemake之后。显式指定envvar无济于事：snakemake --jobs 2 --latency-wait 30 --cluster "qsub ..." --envvars PASS。

snakemake是否再次在不同的shell中执行，而不是在初始的snakemake客户端shell中执行？

Answer 1

看起来您需要添加flag 来使环境变量可用于qsub作业。

-V    Declares that all environment variables in the qsub commands environment are to be exported to the batch job.