回答情况：
提问时间：
问题标签：
我想检索给定KEGG化合物的InChI表示，但没有找到直接的解决方案。我们可以通过ChEBI这样做：
chebi_entry = chebi_con.getCompleteEntity('CHEBI:' + <e
浏览 7提问于2017-09-01得票数 0
回答已采纳
对于一个项目，我想从KeGG网站上的许多路径中提取所有的复合名称。单个有机体中所有通路的列表看起来像。对于每条路径，我提取名称并存储描述。然后我想要得到所有在这个过程中起作用的化合物。在像这样的网站上可以找到所有关于KeGG途径的信息。我想提取的元素是在复合下面列出的元素。import urllibimport re
def get_KeGG_pathways_cpds(
浏览 0提问于2018-10-08得票数 0
我有一个酶的列表(EC号，代码中的"df“)，我想在KEGG路径图中突出显示。我想要制作一个python脚本来自动保存突出显示的映射。到目前为止，我只能手工下载urls：import webbrowser
def mapping(df, map_list
浏览 6修改于2021-06-12得票数 2
回答已采纳
我正在创建一个用于文本挖掘的R包，我想在包中添加一个函数，以便从KEGG获得路径列表。我能够从wikipathways获取这些路径，但无法从KEGG获取。请给我建议，如果没有像NBCI2R这样的包，我如何从KEGG获取路径，我想做我自己的功能，所以请帮助我。
谢谢
浏览 6提问于2013-05-17得票数 0
我正在尝试使用CytoKegg在Cytoscape上覆盖数据在KEGG路径上。在从KEGG上传KGML文件后，取决于哪条路径，我要么不让Cytoscape应用程序交互，要么接收到此错误消息:错误加载KEGG索引，长度为1。自从成功地完成这个任务以来，我唯一改变的是我目前不在美国--我不认为这会影响到这个应用程序或KEGG，但我不知道还会发生什么变化。
任何帮助都是非常感谢的，所以提前谢谢！
浏览 6提问于2022-07-31得票数 0
我知道如何使用KEGG.db从KEGG网站上检索特定路径的基因列表，但是我找不到任何软件包可以在R中做同样的事情。我找到的唯一的注释包是KEGG.db，它只给出了KEGG中可用路径的列表。http://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.htmlhttp://rest.kegg.jp/
浏览 8提问于2015-02-25得票数 1
回答已采纳
我需要重新格式化kegg reconstruct pathway输出，在file1中有这样的内容：
K02563
浏览 0修改于2018-10-23得票数 0
回答已采纳
对于一个项目，我已经学会了将KEGG路径导入Cytoscape并在没有任何编辑的情况下进行合并。我想用不同的颜色区分每条通路的节点，以了解特定基因或分子的通路。
浏览 97修改于2021-08-19得票数 0
我有一个药物数据库保存在CSV文件中的一个列中，我可以用Pandas读取。该文件包含750000行，其元素由“/”分隔。该列还以“/”结尾。似乎每一行都以";“结尾。因此，它有一定的结构，虽然元素可以用不同的数量和信息来描述。这意味着某些元素在某些单元格中只会有NaN。我从未使用过类似SQL的格式，也很难将其复制为Pandas代码。请参阅PrtScs以获得更多信息。df = pd.DataFrame({
"ENTRY":[
浏览 5提问于2022-10-25得票数 -1
回答已采纳
如果我现在试着：kegg_con = KEGG()kegg_con.get('b3640', parse=True)kegg_co
浏览 4修改于2016-08-16得票数 2
回答已采纳
0回答
KEGG的pathway search result界面后面括号里的数字代表什么？
网站、search、搜索
自己输入基因在KEGG网站进行作图，在pathway search result界面，结果中后面括号里的数字代表什么？
浏览 268提问于2020-04-17
= Nonekegg_ortholog_set = set()kegg_pathways = list()kegg_reactions = list()kegg_compounds = list()
kegg_compound_set= line
浏览 3修改于2021-03-19得票数 0
回答已采纳
我遇到的问题是，当我对相同的数据运行KEGG过度表示测试，并试图创建结果的热图时，X轴不显示基因符号，而是基因请求ID(这是一个数字序列)。下面是KEGG过度表示测试和随后的热图的代码： organism = 'hsa')
，我的问题是：
浏览 3提问于2018-06-12得票数 1
1回答
我正在使用KEGG下载基因组数据并将其写入文件。总共有26个文件，其中一些文件包含字典'COMPOUND'。我想将它们分配给CompData，并将它们写入输出文件。'r') as file: line = line.strip()from bioservices.kegg</em
浏览 2修改于2020-06-27得票数 1
回答已采纳
1回答
这是我的数据structure(list(Category = c("KEGG Pathway", "KEGG Pathway", "KEGG Pathway", &q
浏览 10修改于2021-09-03得票数 0
回答已采纳
这是我的数据"KEGG_VALINE_LEUCINE_AND_ISOLEUCINE_DEGRADATION", "KEGG_DRUG_METABOLISM_OTHER_ENZYMES",
"KEGG_ALANINE_ASPARTATE_AND_GLUTAMATE_
浏览 6修改于2022-04-29得票数 1
file1：K00002K00006K00025file2：TRINITY_DN42420_c0_g1 KO:K01762TRINITY_DN36387_c0_g2 KEGG:zma:732811`KO:K00089
TRINITY_DN54650_c4_g1 <e
浏览 0修改于2016-05-05得票数 0
回答已采纳
DOCTYPE pathway SYSTEM "https://www.kegg.jp/kegg/xml/KGML_v0.7.2_.dtd"> title="Breast cancer"
image="https://www.kegg</em
浏览 5修改于2022-06-30得票数 0
回答已采纳
我的dd.df看起来是这样的：AAAAAAAAPAADAKKK02897 0.007我试着用群比：
查找连接到每个"seq“的每个"kegg”的"evalue“的乘积。我尝试使用以下方法使用g
浏览 0修改于2019-05-02得票数 0
回答已采纳
2回答
我有一个表格文件，如下所示：PROKKA_00013 NaNPROKKA_00017NA|NA|NAPROKKA_00020 K00246如果第2列('KEGG_KOs')不是以'K0我试图创建一个输出：PROKKA_00019 K00240
浏览 0修改于2021-07-08得票数 2
回答已采纳
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号