If语句和写入文件

Question

我正在使用KEGG下载基因组数据并将其写入文件。总共有26个文件，其中一些文件包含字典'COMPOUND'。我想将它们分配给CompData，并将它们写入输出文件。我试着把它写成一个if True语句，但这是行不通的。

# Read in hsa links

hsa = []
with open ('/users/skylake/desktop/pathway-HSAs.txt', 'r') as file:
    for line in file:
        line = line.strip()
        hsa.append(line)

# Import KEGG API Bioservices | Create KEGG Variable
from bioservices.kegg import KEGG
k = KEGG()

# Data Parsing | Writing to File
# for i in range(len(hsa)):
data = k.get(hsa[2])
dict_data = k.parse(data)
if dict_data['COMPOUND'] == True:
    compData = str(dict_data['COMPOUND'])
nameData = str(dict_data['NAME'])
geneData = str(dict_data['GENE'])
f = open('/Users/Skylake/Desktop/pathway-info/' + nameData + '.txt' , 'w')
f.write("Genes\n")
f.write(geneData)
f.write("\nCompounds\n")
f.write(compData)
f.close()

Answer 1

我想我是说

if dict_data['COMPOUND'] == True:

您(错误地)测试了字符串键'COMPOUND'在dict_data中的存在。在这种情况下，你想要的是

if 'COMPOUND' in dict_data:

此外，请注意，如果键不存在，则不会发生变量compData的定义，这将在试图写入其值时引发错误。这意味着无论发生什么事情，你都应该定义它。

compData = str(dict_data.get('COMPOUND', 'undefined'))

上面的代码行意味着，如果键存在，它将得到它的值，如果不存在，它将得到'undefined'。请注意，您可以选择所需的替代值，甚至不提供任何值，这将导致默认情况下的None。