如何在python中下载彩色KEGG路径图

Question

我有一个酶的列表(EC号，代码中的"df“)，我想在KEGG路径图中突出显示。我想要制作一个python脚本来自动保存突出显示的映射。到目前为止，我只能手工下载urls：

from bioservices import KEGG
import webbrowser

s = KEGG()

def mapping(df, map_list):

    for map in map_list:
        names = ""
        to_parse = s.get("ec"+map)
        parsed = s.parse(to_parse)

        for ECs in df["EC_numbers"]:
            if str(ECs) in parsed["ENZYME"]:
                names=names+"+EC:"+str(ECs)
        url = "https://www.genome.jp/pathway/map"+map+names
        s.logging.info(url)
        webbrowser.open(url)

map_list_example = ["00520", "00010", "00020"]

有什么想法吗？

Answer 1

为此，您可以使用函数save_pathway。

from bioservices import KEGG

s = KEGG()

target_map = 'ko00340'
target_kos = ['K00765', 'K01814']
s.save_pathway(target_map, 'test.png', keggid=target_kos)

这将产生

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