如何检索KEGG化合物的InChI密钥？

Question

我想检索给定KEGG化合物的InChI表示，但没有找到直接的解决方案。

我们可以通过ChEBI这样做：

from bioservices import *

kegg_con = KEGG()

kegg_entry = kegg_con.parse(kegg_con.get('C00047'))

chebi_con = ChEBI()

chebi_entry = chebi_con.getCompleteEntity('CHEBI:' + kegg_entry['DBLINKS']['ChEBI'])

print chebi_entry.smiles
print chebi_entry.inchi
print chebi_entry.inchiKey

它将打印

NCCCC[C@H](N)C(O)=O
InChI=1S/C6H14N2O2/c7-4-2-1-3-5(8)6(9)10/h5H,1-4,7-8H2,(H,9,10)/t5-/m0/s1
KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N

有没有一条不需要经过ChEBI的直通车？

Answer 1

我不知道KEGG服务中有什么功能允许您直接这样做。我相信你的解决方案(例如ChEBI)是正确的。您可能还有其他有用的服务，如unichem、化学蜘蛛(虽然需要登录)也可以帮助您。(免责声明:我是生物服务的主要作者)