编辑后如何在Cytoscape中合并KEGG路径

Question

对于一个项目，我已经学会了将KEGG路径导入Cytoscape并在没有任何编辑的情况下进行合并。我想用不同的颜色区分每条通路的节点，以了解特定基因或分子的通路。当我在编辑后尝试合并路径时，只有源被合并而不是被编辑的源被合并。有没有人可以详细指导我合并Cytoscape中编辑过的路径的技巧？

Answer 1

我假设当你说“编辑”时，你指的是编辑视觉属性(即颜色)。合并网络不会尝试合并可视属性，这一点您是正确的。另一方面，这并不难--只需在其中一条路径中添加一个节点列，并用值填充该列(与值无关)。执行合并时，该列将被保留。现在，由于只有一条路径在该列中具有值，因此可以设置离散映射并仅更改列中具有值的节点的颜色。在https://tutorials.cytoscape.org的基本数据可视化教程中介绍了这一点。