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基本上，一个GenBank文件是由基因条目组成的(由' gene‘宣布，然后是相应的'CDS’条目(每个基因只有一个)，就像我在下面展示的两个。
浏览 2修改于2014-02-19得票数 1
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嗨，我正试图在一个文件中搜索一个特定的单词列表。如果找到其中一个单词，我想在下面添加一个换行符，并添加这个短语\colour =1(我不想删除我正在搜索的原词)。
为背景和格式的文件提取:位点contig_2_pilon_pilon 5558986 bp，DNA线性BCT 16-jun 2020定义大肠杆菌O 157:H7株(270078)加入版关键词。源大肠杆菌270078种大肠杆菌270078细菌；蛋白质细菌；γ亚类；肠杆菌科；大肠埃希菌。注释使用prokka 1.14.6来自。来源1.5558986/organism=“大肠埃希菌270078”/mol_type=“/strain=”株“
浏览 2提问于2020-08-21得票数 0
有没有一种方法可以使用BioPython将FASTA文件转换成Genbank格式？关于如何从Genbank转换到FASTA，有很多答案，但不是相反的。
浏览 4提问于2015-05-12得票数 6
例如,for feature in seq.metadata['FEATURES']:将输出：位置= 687..3158
对于示例GenBank
浏览 0修改于2015-09-23得票数 0
我很难使用Biopython SeqIO (变成类似于的东西)创建一个genbank平面文件，我能够通过以下操作创建一个genbank
simple_seq = Seq(row[15],IUPAC.unambiguous_dna
浏览 5提问于2013-11-12得票数 0
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原文： gene 5240..7267from Bio import SeqIOgb_record = SeqIO.parse(open(gb_file, "r+"), "genbankrecord
浏览 1修改于2014-07-09得票数 2
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这段代码工作正常，但现在它会抱怨，genbank结构是否发生了变化？ my $seqio_object = Bio::SeqIO->new(-format=>"Genbank
浏览 2修改于2013-06-26得票数 0
我必须创建两个函数，使我能够打开.genbank文件并将其转换为.fasta文件，反之亦然。file1', 'w') s=handle_input.readline() print(t)这也可能是不正确的，但我不知道该怎么做。
浏览 4修改于2017-06-21得票数 1
我正在编写一个csv读取器来生成Genbank文件来捕获带有序列的注释。
container.features.append(feature)
我看过Bio.Genbank.Record是否
浏览 1提问于2019-02-20得票数 1
我正在处理一些genbank文件，并有以下代码：虽然它可以通过seq文件中的大多数文件"C:\python38\lib\site-packages\Bio\GenBank\Scanner.py"，第516行，在parse_records record =self.parse(句柄，do_features)文件"C:\python38\lib\site-pac
浏览 1修改于2020-05-16得票数 0
我有一个包含许多序列的Genbank文件。我还有另一个文本文件，其中包含这些序列的名称以及TSV中的一些其他信息，我将其作为pandas数据帧读入。n = df_bp_pos_2.sample(n = 1)n_name = n.iloc[:1]from Bio import SeqIO
for
浏览 20修改于2019-10-31得票数 1
我偶然发现了一个Genbank格式的文件(这里显示为一个最小的虚拟示例)，其中包含一个嵌套特性，如下所示： xxxx_domaincomplement(complement(1..145))
这样的功能会使当前的Biopython Genbank解析器(1.59版本)崩溃，但在以前的版本(例如1.55)中显然不会。也就是说，这是Biopython中的小故障还是Genbank文件中的小故障？/usr/bin/en
浏览 2修改于2012-04-18得票数 2
我刚接触Biopython，在解析genbank文件时遇到了性能问题。rec = SeqIO.read(gb_acc1, 'genbankEntrez.efetch(db='nucleotide', id=access, rettype='gb&
浏览 8提问于2016-07-27得票数 1
我需要解析一个初步的GenBank平面文件。这个序列还没有发布，所以我不能通过注册来查找它并下载FASTA文件。
浏览 11提问于2011-06-14得票数 2
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我已经使用genbank Entrez模块下载了一个与类似的BioPython文件列表。在随后解析这些文件时，我遇到了一个错误，因为我从Entrez下载的genbank文件是给予基因组不完整的有机体的临时RefSeq的一部分()。SeqIO.read(open(gbk),'gb') except BiopythonIO:
'this file is not a genbank
浏览 0提问于2012-12-08得票数 1
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我对Java非常陌生，我想要构建一个可以将GenBank文本文件转换成FASTA格式的程序。基本上有两个文本框:一个是我上传GenBank格式文件的地方，另一个是显示转换后的FASTA格式文件的文本框。这是一个GenBank格式文件：DEFINITIONCTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCATGAATGCTCAC
浏览 2修改于2012-10-06得票数 1
我有一个充满登录号的数组，我想知道是否有一种方法可以使用BioPerl自动保存genbank文件。我知道你可以抓取序列信息但我想要整个GenBank记录。use strict;use Bio::DB::GenBank;
open (REFINED, ".(@accession, $2);}foreach my $number(@accession){
浏览 0修改于2014-02-21得票数 1
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我想要做的是在基因组文件中将GenBank记录的所有非假定序列都用小写字母表示。
到目前为止，我设法获得了gbk中蛋白质的起始和结束位置。
浏览 0修改于2013-11-01得票数 0
我一直试图用BioPerl编写一个代码，它将查询Genbank中的特定蛋白质，然后将结果打印到fasta文件中。到目前为止，我所拥有的代码是有效的，我可以将结果打印到屏幕上，但不能打印到文件中。usr/bin/perluse Bio::DB::Query::GenBank;
$query_obj = Bio::DB::Query:
浏览 0提问于2013-10-13得票数 0
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