从GenBank文件输出基因位置

Question

可以为CDS特征输出基因位置吗?或者我需要自己解析' location‘或'complement’字段吗？

例如,

seq = Sequence.read(genbank_fp, format='genbank')
for feature in seq.metadata['FEATURES']:
    if feature['type_'] == 'CDS':
        if 'location' in feature:
            print 'location = ', feature['location']
        elif 'complement' in feature:
            print 'location = ', feature['complement']
        else:
            raise ValueError('positions for gene %s not found' % feature['protein_id'])

将输出：

位置= <1..206

位置= 687..3158

对于this示例GenBank文件。

此功能在BioPython (请参阅this thread)中是可能的，我可以在其中输出已经解析的位置(例如。开始= 687，结束= 3158)。

谢谢!

Answer 1

对于该示例，您可以使用以下代码仅获取该功能的Sequence对象：

# column index in positional metadata
col = feature['index_']
loc = seq.positional_metadata[col]
feature_seq = seq[loc]
# if the feature is on reverse strand
if feature['rc_']:
    feature_seq = feature_seq.reverse_complement()

注意: GenBank解析器是在开发分支中新添加的。