将FASTA转换为GenBank

Question

有没有一种方法可以使用BioPython将FASTA文件转换成Genbank格式？关于如何从Genbank转换到FASTA，有很多答案，但不是相反的。

Answer 1

以下是何塞对python3和新生物游戏的回答的更新。Biopython不再使用字母表。也许它能帮你节省一点时间。

from Bio import SeqIO

input_handle = open("test.fasta", "r")
output_handle = open("test.gb", "w")

sequences = list(SeqIO.parse(input_handle, "fasta"))

# assign molecule type
for seq in sequences:
  seq.annotations['molecule_type'] = 'DNA'

count = SeqIO.write(sequences, output_handle, "genbank")

output_handle.close()
input_handle.close()
print("Converted {} records".format(count))

Answer 2

对于未提交的序列，可以将fasta格式转换为gb格式，这些序列没有登录号。还没有提交给国家调查局。