这是有效的Genbank功能描述还是Biopython错误？

Question

我偶然发现了一个Genbank格式的文件(这里显示为一个最小的虚拟示例)，其中包含一个嵌套特性，如下所示：

FEATURES             Location/Qualifiers
     xxxx_domain     complement(complement(1..145))

这样的功能会使当前的Biopython Genbank解析器(1.59版本)崩溃，但在以前的版本(例如1.55)中显然不会。显然，该行为已经在1.57中(参见下面的评论)。

从Biopython bugtracker来看，旧的locationparser代码似乎在1.56中被删除了：

从我对ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt和http://www.insdc.org/documents/feature_table.html#3.4.2的格式描述中可以推断出，这很可能是无效的。(但请参阅下面的评论)。

有人能对此发表评论吗。也就是说，这是Biopython中的小故障还是Genbank文件中的小故障？

完整的演示文件：

LOCUS       XXXXXXXXXXXXXX         240 bp    DNA     circular     17-JAN-2012
DEFINITION  xxxxxx.
KEYWORDS    xx.
SOURCE      
  ORGANISM  
FEATURES             Location/Qualifiers
     xxxx_domain     complement(complement(1..145))
                     /vntifkey="1"
                     /label=A label
                     /note="A note"
BASE COUNT       75 a        57 c        42 g        66 t 
ORIGIN
        1 tttacaaaac gcattttcaa accttgggta ctaccccctt ttaaatatcc gaatacacta 
       61 ataaacgctc tttcctttta ggtaaacccg ccaatatata ctgatacaca ctgatagttt 
      121 aaactagatg cagtggccga ccatcagatc tagtaggaaa cagctatgac catgattacg 
      181 cattacttat ttaagatcaa ccgtaccagt ataccctgcc agcatgatgg aaacctccct 
//

显示错误的最小演示程序(假设已安装Biopython1.59和Python2.7，并且上述文件的名称为"test.gb"：

#!/usr/bin/env python
from Bio import SeqIO
s = SeqIO.read(open("test.gb")), "r"), "genbank")

这将使用以下命令崩溃

    raise LocationParserError(location_line)
Bio.GenBank.LocationParserError: complement(1..145)

Answer 1

我认为那是一个无效的位置。这是来自NCBI文件，还是其他地方？

请注意，对于Biopython 1.60 (下一版本)，我们计划将错误位置视为警告，而不是停止解析的错误。