如何查询Genbank并将结果打印到fasta文件？

Question

我一直试图用BioPerl编写一个代码，它将查询Genbank中的特定蛋白质，然后将结果打印到fasta文件中。到目前为止，我所拥有的代码是有效的，我可以将结果打印到屏幕上，但不能打印到文件中。我在BioPerl网站和其他来源( PerlMonks、CPAN等)上做了大量的研究。但我没有找到任何能解决我的问题的办法。我理解如何从文件中读取某些内容，然后将输出打印到一个新文件(使用SeqIO)，但我遇到的问题似乎是，我希望程序读取的内容不是存储在文本或FASTA文件中，而是数据库查询的结果。帮助?我是一个初学者，对Perl/BioPerl和一般编程都很陌生。

下面是我到目前为止掌握的代码：

#!usr/bin/perl
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::DB::Query::GenBank;
use Bio::Seq;

$query = "Homo sapiens[ORGN] AND TFII-I[TITL]";

$query_obj = Bio::DB::Query::GenBank->new(-db => 'protein', -query => $query);

$gb_obj = Bio::DB::GenBank->new;

$stream_obj = $gb_obj->get_Stream_by_query($query_obj);
while ($seq_obj = $stream_obj->next_seq) 
{print $seq_obj->desc, "\t", $seq_obj->seq, "\n";
}

所以，在最后一行中，我要做的不是打印到屏幕上，而是以fasta格式打印到文件中。

谢谢，~杰

Answer 1

假设您有数据来生成fasta (看起来是这样的)，那么您能使用Bio:FASTASequence模块seq2file函数吗？我从来没有使用过它，我也不是生物信息专家，只是看到了它的选择，并认为它可能对你有用。