GenBank格式文件到FASTA格式的转换

Question

我对Java非常陌生，我想要构建一个可以将GenBank文本文件转换成FASTA格式的程序。基本上有两个文本框:一个是我上传GenBank格式文件的地方，另一个是显示转换后的FASTA格式文件的文本框。

这是一个GenBank格式文件：

LOCUS       AB000263                 368 bp    mRNA    linear   PRI 05-FEB-1999
DEFINITION  Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete
            cds.
ACCESSION   AB000263
ORIGIN      
        1 acaagatgcc attgtccccc ggcctcctgc tgctgctgct ctccggggcc acggccaccg
       61 ctgccctgcc cctggagggt ggccccaccg gccgagacag cgagcatatg caggaagcgg
      121 caggaataag gaaaagcagc ctcctgactt tcctcgcttg gtggtttgag tggacctccc
      181 aggccagtgc cgggcccctc ataggagagg aagctcggga ggtggccagg cggcaggaag
      241 gcgcaccccc ccagcaatcc gcgcgccggg acagaatgcc ctgcaggaac ttcttctgga
      301 agaccttctc ctcctgcaaa taaaacctca cccatgaatg ctcacgcaag tttaattaca
      361 gacctgaa
//

其相应的FASTA格式文件是：

>AB000263 |acc=AB000263|descr=Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete cds.|len=368
ACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCACCGCTGCCCTGCC
CCTGGAGGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAGCATATGCAGGAAGCGGCAGGAATAAGGAAAAGCAGC
CTCCTGACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGCCGGGCCCCTCATAGGAGAGG
AAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCCGGGACAGAATGCC
CTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCATGAATGCTCACGCAAG
TTTAATTACAGACCTGAA

有谁能帮我提供关于如何修剪GenBank文件或代码的建议，并通过单击按钮在第二个文本框中显示它。

我正在使用Netbeans 6.9。

Answer 1

我还没有使用它，但是BioJava项目包含可能包含多个序列的读取GenBank文件的代码。有关显示，请参见http://biojava.org/wiki/BioJava%3aCookbook%3aSeqIO%3aWriteInFasta。