改进genbank特性添加

Question

我试图添加超过70000个新的功能到一个genbank文件使用biopython。

我有这样的代码：

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation

fi = "myoriginal.gbk"
fo = "mynewfile.gbk"

for result in results:
     start = 0
     end = 0

     result = result.split("\t")
     start = int(result[0])
     end = int(result[1])

     for record in SeqIO.parse(original, "gb"):
         record.features.append(SeqFeature(FeatureLocation(start, end), type = "misc_feat"))
         SeqIO.write(record, fo, "gb")

结果只是一个列表，其中包含了我需要添加到原始gbk文件中的每个特性的开始和结束。

这个解决方案对我的计算机来说是非常昂贵的，我不知道如何提高性能。有什么好主意吗？

Answer 1

您应该只解析一次genbank文件。省略results包含的内容(我不知道，因为在您的示例中缺少了一些代码)，我想这样的东西会提高性能，修改代码：

fi = "myoriginal.gbk"
fo = "mynewfile.gbk"

original_records = list(SeqIO.parse(fi, "gb"))

for result in results:
    result = result.split("\t")
    start = int(result[0])
    end = int(result[1])

    for record in original_records:
        record.features.append(SeqFeature(FeatureLocation(start, end), type = "misc_feat"))
        SeqIO.write(record, fo, "gb")