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我是初学者R，我尝试运行命令clustal(sylvia.seq)sh: clustalw2: command not found in a directory on the PATH of your computer
浏览 4提问于2018-11-28得票数 1
我有一个多序列比对(Clustal)文件，我想读取这个文件，并以这样一种方式排列序列，使其在顺序上看起来更清晰和精确。我在Biopython中使用AlignIO对象执行此操作：
print "Number of rows
浏览 5修改于2013-09-18得票数 0
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G3q={"stype":"protein","sequence":MSA_request,"outfmt":"clustal
浏览 2提问于2017-03-08得票数 0
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我有一个FASTA文件，其中包含与各州和它们的cites相关的序列。是否有可能使用python通过木星笔记本运行一个MSA和集群，然后创建一个系统发育树与对齐序列。我不知道从哪里开始，当我被分配任务时，没有明确的方向。
浏览 14修改于2021-12-18得票数 0
entropy_list)) return sh_entropy
#importing the clustalfile shannon
浏览 64修改于2021-08-05得票数 1
有没有人看到这段代码的问题，或者有更好的方法从有间隙的Clustal对齐生成PWM？from Bio.Alphabet import Gapped
alignment = AlignIO.read("filename.clustalw", "clustal", alphabet=Gapped
浏览 1提问于2011-08-09得票数 1
Bio import Seqfrom Bio import AlignIO
try:
cl = ClustalwCommandline(clustal_locf_out, align=True, outorder="ALIGNED", convert=True,
浏览 0提问于2012-08-28得票数 1
我想使用ape包中的R clustal函数来处理我的DNA序列，这样我就可以使用{pegas}进行进一步的分析。但是，当我第一次尝试手册中提供的示例时：但我得到了一个错误消息file(file, "r") : cannot open file '/var/folders/vm/fzyykk3x21g55fdvpctj7s90000
浏览 9修改于2016-06-02得票数 0
它有一个进程，它在一个fasta文件上运行一个多序列对齐，一个运行这个过程的工作流(最终它也将运行其他进程)： input:path fastas path 'clustal.sto' """
cat ${fastas} > merged.fadepot.galaxyproject.org/singularity/clustalo:1.2
浏览 3提问于2021-04-13得票数 1
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我已经使用以下代码解析了aln文件：print(align)
print(align)现在我需要一个函数来产生所有可能的成对组合，这样我就可以比较序列并寻找转换/颠换、插入/替换、SNPs
浏览 24修改于2020-05-05得票数 0
1回答
(idx in 1:n_seq) for(idx in 1:(n_seq-1) )
{intemp <- read.xls("C:// clustal.xls
浏览 1修改于2011-08-19得票数 2
align[:, -10:]from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read("Clustalw/opuntia.aln", "clustal
浏览 2修改于2014-05-19得票数 3
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meaningless_name -outfile=output_alignment.aln -newtree=output_tree.dnd" CLUSTAL-Alignmentmeaningless_name2 -outfile=output_alignment.aln -newtree=output_tree.dnd" CLUSTAL-Alignment
浏览 3提问于2010-11-25得票数 5
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files in my_directory with file extension .fastaclustalo -i $a -o $b # clustalo is a command of Clustal
浏览 2提问于2013-08-07得票数 0
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clwstrict=True)from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read(open("testunaligned.aln"), "clustal
浏览 27提问于2021-06-24得票数 1
我的代码：align = AlignIO.read("allseqs.aln", "clustal")
from Bio import AlignIO, Phylo,SeqIO
align = AlignIO.read("allseqs.aln", "clustal
浏览 2修改于2014-10-13得票数 0
我使用R包ape来分析存储在DNAbin对象中的一些序列：my.seq <- read.dna("sequences.txt", format = "clustal")
my.dist
浏览 0修改于2016-05-22得票数 1
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我的apache用户是使用fish shell的http，因此我将clustalw2移动到/srv/http/Clustal，并将dir添加到fish路径。
浏览 0提问于2021-05-19得票数 1
这个应用程序应该发送参数/参数给集群，一个基于终端的应用程序，但它返回一个错误非零退出状态127，'/bin/sh: Clustal :命令未找到‘。
浏览 8修改于2015-02-12得票数 0
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