如何在bash中将文件设置为变量

Question

我是bash脚本的新手，但我想在bash脚本中将一些文件设置为for循环中的变量。我有这样的代码：

a=home/my_directory/*.fasta
b=home/my_directory/*.aln

for i in {1..14}   # I have 14 files in my_directory with file extension .fasta
do
clustalo -i $a -o $b  # clustalo is a command of Clustal Omega software, -i is 
                      # input file, -o is output file
done

我只想在my_directory中使用我所有的fasta文件，并创建另外14个新的aln文件。但是有了这段代码，它就不能工作了，因为集群程序不能识别这个集合文件。所以如果你能帮忙我会很感激的。

Answer 1

如果您知道确切有14个文件，请执行以下操作：

for i in {1..14}; do
    clustalo -i home/my_directory/$a.fasta -o home/my_directory/$b.aln
done

如果您想处理所有的*.fasta文件，不管有多少文件，请执行以下操作：

for file in home/my_directory/*.fasta; do
    clustalo -i "$file" -o "${file%.fasta}.aln"
done

为了理解这一点，${file%.fasta}给我们去掉了$file的.fasta扩展。

如果要首先将文件名存储在变量中，最好的做法是使用数组变量。为此，您可以在变量赋值周围添加括号，然后使用奇怪的语法"${array[@]}"访问数组值。

files=(home/my_directory/*.fasta)

for file in "${files[@]}"; do
    clustalo -i "$file" -o "${file%.fasta}.aln"
done