R中的分层聚类

Question

当我使用hclust函数时，我得到了以下错误？我该如何解决这个问题？我使用的是windows 7和2.12.3版本的R。

n_seq <- 250                                                   
mat <- matrix(NA, ncol=n_seq, nrow=n_seq)    
for (idx in 1:n_seq) 
{mat[idx,idx] <- 0.0}         
for(idx in 1:(n_seq-1) )
{intemp <- read.xls("C:// clustal.xls", sheet = idx ); 
mat[(1+idx):n_seq,idx] <- intemp[1:(n_seq-idx), 11]}

fit <- hclust(as.dist(mat), method="single")

Error in hclust(as.dist(mat), method = "single") : 
NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)

请帮我解决这个问题。

Answer 1

出现此错误消息的原因是距离矩阵as.dist(mat)中的值(NA、NaN或Inf)不正确。如果你看一下hclust的代码，外部函数调用(即通过编译代码)的第11个参数是距离矩阵的值，这就是R所抱怨的。默认情况下，外部函数调用不接受NA、NaN或Inf。有关详细信息，请参阅?.Fortran。